Calculs et données

La présentation des mesures de diversité est donnée avec un usage intensif du formalisme mathématique. La liste des notations est fournie ci-dessous, on s’y référera autant que nécessaire.

Les calculs sont réalisés dans R (R Core Team 2024), essentiellement avec le package divent (R-divent?), qui succède au package entropart (Marcon and Hérault 2015). L’ensemble du code est disponible sur GitHub¹ où se trouvent les mises à jour de ce document².

Les données sont souvent celles de la parcelle 6 de la forêt de Paracou (figure 0.1 en Guyane française (Gourlet-Fleury, Guehl, and Laroussinie 2004), d’une surface de 6.25 ha. Tous les arbres de plus de 10 cm de diamètre à hauteur de poitrine (DBH : Diameter at Breast Height) y ont été inventoriés en 2016. La position de chaque arbre, son espèce et sa surface terrière sont fournis.

D’autres exemples utilisent la parcelle forestière permanente de Barro Colorado Island, souvent abrégée BCI (Condit, Chisholm, and Hubbell 2012) : 50 ha de forêt tropicale dont les arbres de plus de 1 cm de diamètre à hauteur de poitrine (DBH : Diameter at Breast Height) ont été inventoriés. Le jeu de données utilisé pour les exemples est une version réduite aux arbres de plus de 10 cm disponible dans le package vegan (Oksanen et al. 2012), soient 21457 arbres dans 225 espèces.

Figure 0.1: Carte de la parcelle 6 de Paracou. Les points représentent les arbres. Leur taille est proportionnelle à leur surface terrière. Seules les espèces les plus fréquentes sont identifiées sur la carte.

Le code R pour réaliser la figure est le suivant :

library("divent")
paracou_6_wmppp %>% 
autoplot(
  labelSize = expression(paste("Surface terrière (", cm^2, ")")), 
  labelColor = "Espèce"
) +
theme(legend.position = "bottom", legend.direction = "vertical", legend.margin=margin())