8 Enseigner avec R
R, RStudio et GitHub fournissent des outils pour enseigner.
Le package learnr permet de réaliser des tutoriels interactifs.
On verra aussi comment utiliser les salles de classe GitHub (GitHub Classrooms) qui permettent de diffuser à une classe (une liste d’étudiants disposant d’un compte GitHub) un modèle de dépôt (un début de projet R) que chaque étudiant devra développer et publier. Les outils de la salle de classe permettent d’évaluer le travail fourni assez simplement.
8.1 learnr
learnr permet de rendre interactifs les bouts de code de n’importe quel document produit par R Markdown en HTML, en les transformant en applications Shiny. La documentation sur le site de RStudio123 est très claire et ne sera pas reprise ici : nous verrons seulement comment commencer et comment diffuser les tutoriels.
8.1.1 Premier tutoriel
Utiliser comme pour tous les documents le menu “File > New File > RMarkdown…” et créer un nouveau document à partir d’un modèle “Interactive Tutorial”. L’assistant crée un dossier du nom choisi, à transformer en projet R et passer sous contrôle de source, comme pour tous les documents vus précédemment (voir section 4.3.2).
Pour exécuter le tutoriel, cliquer sur le bouton “Run Document” qui se trouve à place habituelle du bouton “Tricoter”.
Les tutoriels peuvent inclure des exercices, qui sont des bouts de code avec l’option exercise=TRUE.
Ces exercices sont affichés sous la forme d’une fenêtre de code modifiable et exécutable par l’utilisateur.
Des indices peuvent être donnés124, un bouton ajouté pour afficher la solution, une limite de temps peut être fixée125, et le code comme son résultat peuvent être comparés à une valeur attendue126.
Des quizz127 peuvent être ajoutés, sous la forme de questionnaires à choix multiples ou uniques.
La progression de l’utilisateur dans le tutoriel (code saisi, réponses aux questions…) est sauvegardée par learnr sur le poste de travail. Un tutoriel peut être arrêté puis repris sans perte de données. En revanche, il n’y a pas de moyen simple de récupérer ces données pour une évaluation par le formateur par exemple.
8.2 GitHub Classrooms
GitHub Classrooms permet de diffuser à un public étudiant des dépôts GitHub à modifier et de contrôler le résultat. Les applications sont aussi bien l’apprentissage de R que la production de documents, pour un travail personnel ou un examen par exemple.
8.2.1 Inscription
Pour commencer à utiliser l’outil, il faut ouvrir un compte. Sur le site de GitHub Classrooms129, cliquer sur “Sign in” et utiliser son compte GitHub pour s’authentifier.
8.2.2 Organisations
L’étape suivant consiste à créer une organisation GitHub. Une organisation GitHub contient essentiellement des membres (titulaires d’un compte GitHub) et des dépôts accessibles à l’adresse https://github.com/Organisation/Depot.
La façon la plus simple de travailler consiste à créer une organisation par cours mais d’autres approches sont possibles dans des structures utilisant intensivement l’outil. L’organisation crée pour l’exemple est ici “Cours-R”130.
Une adresse de messagerie est nécessaire (utiliser la même que celle de son compte GitHub) et l’organisation doit être déclarée comme appartenant à son compte personnel.
Si l’organisation n’est pas visible sur la page de GitHub Classrooms, cliquer sur “Grant us access”.
8.2.3 Nouvelle salle de classe
Une salle de classe (classroom) est peuplée d’étudiants qui recevront des tâches (assignments) à exécuter.
Cliquer sur New Classroom. Sélectionner l’organisation en charge de l’administration de la salle de classe.
Saisir le nom de la salle de classe : une bonne pratique est de la préfixer par le nom du cours et d’ajouter le nom de la session, par exemple “Cours-R-2020-EdGuyane”.
Ne pas ajouter de collaborateurs (ce sera possible plus tard), et saisir éventuellement la liste des étudiants (un nom par ligne, possible plus tard aussi). La classe est créée.
Toutes les salles de classe sont visibles depuis la page d’accueil de GitHub Classrooms131. Cliquer sur un nom pour en ouvrir une. Le bouton “Settings” permet de changer son nom ou de la supprimer. Le bouton “TAs and Admins” permet d’ajouter des collaborateurs, c’est-à-dire d’autres utilisateurs GitHub qui pourront administrer la salle de classe.
Le bouton “Students” permet d’ajouter des étudiants. La liste de nom est libre, sans format obligatoire. Cliquer sur “Create Roster” pour l’activer. Les noms doivent ensuite être liés à des comptes GitHub : ce travail peut être fait par l’administrateur ou par les étudiants eux-mêmes quand ils recevront la première tâche à effectuer. Chaque étudiant doit avoir un compte sur GitHub.
8.2.4 Préparer un modèle de dépôt
Une tâche est un dépôt GitHub à modifier. Par exemple132, créer un dépôt contenant un projet R avec un fichier Markdown décrivant le travail à faire et éventuellement une partie du code nécessaire pour y parvenir, les autres fichiers du modèle R Markdown utilisé et un fichier de données.
Ouvrir les propriétés du dépôt sur GitHub et cocher la case Template Repository pour en faire un modèle.
8.2.4.1 Assigner une tâche
Ouvrir une salle de classe et cliquer sur “New Assignment”.
Saisir un titre explicite pour les étudiants, une date limite optionnelle et choisir “Individual Assignment”.
Par défaut, le nom de la tâche sert de préfixe pour le nom des dépôts des étudiants mais il peut être remplacé par un préfixe choisi. Quand les étudiants rendront leur travail, tous les dépôts de toutes les tâches seront stockés dans l’organisation.
Le dépôt crée sur le compte de chaque étudiant peut être privé ou public, selon que l’on souhaite que les étudiants puissent voir le travail des autres ou non. Donner le droit d’administration et rendre le site public si les étudiants doivent pouvoir activer les pages GitHub pour présenter le résultat de leur travail. Cliquer sur “Continue”.
Sélectionner le dépôt modèle (starter code) puis cliquer sur “Continue” puis “Create Assignment”.
La nouvelle tâche est créée. Elle est associée à un lien d’invitation qu’il faut copier et envoyer aux étudiants. Quand ils cliqueront sur le lien, ils atteindront une page GitHub qui leur permettra d’associer leur compte à un nom de la liste (aucun contrôle n’est possible : le premier connecté peut s’associer à n’importe quel nom). Ils pourront ensuite créer un nouveau projet RStudio à partir du dépôt GitHub créé automatiquement par GitHub Classrooms, modifier ce projet selon les consignes de travail et le pousser sur GitHub. Le dépôt se trouve sur le compte de l’organisation à laquelle la classe est reliée, et est suffixé par l’identifiant GitHub de l’étudiant.
8.2.4.2 Contrôler le travail des étudiants
Il est possible d’afficher chaque dépôt crée par les étudiants à partir de la page de la tâche sur GitHub Classrooms. Si le travail à produire est un document rédigé, demander aux étudiants de le placer dans les pages GitHub du dépôt pour le lire directement en ligne.
L’assistant GitHub Classrooms133 permet de télécharger en une fois tous les dépôts des étudiants pour les corriger sur son poste de travail.