Parisiens en quête de biodiversité, promenez-vous dans les cimetières!
Eric Marcon, Florence Puech
22 mars 2021
Traitement des données de la base de données ouvertes de la ville de Paris pour le billet Parisiens en quête de biodiversité, promenez-vous dans les cimetières ! dans The Conversation.
Ce document est un bloc-note R Markdown: il contient le code R nécessaire à la reproduction de tout le traitement des données, de leur obtention à partir des données ouvertes de la ville de Paris à la production des figures. Le projet peut être copié à partir de GitHub1 et exécuté dans RStudio.
Préparation des données
Importation
Source des données: https://opendata.paris.fr/explore/dataset/les-arbres/export/
Copie du jeu de données entier au format GeoJSON dans /data/les-arbres.les-arbres.geojson. Idem pour le fond de carte des arrondissements de Paris.
# Créer le dossier data
if (!dir.exists("data")) dir.create("data")
# Arbres
if (!file.exists("data/les-arbres.geojson")) # Télécharger le fichier de données s'il n'existe pas (100 Mo)
download.file("https://opendata.paris.fr/explore/dataset/les-arbres/download/?format=geojson",
destfile = "data/les-arbres.geojson")
# Arrondissements
if (!file.exists("data/arrondissements.geojson")) download.file("https://opendata.arcgis.com/datasets/8463ae61c7ba4388bf08189effcbf2f1_0.geojson",
destfile = "data/arrondissements.geojson")Lecture
Le fichier est lu par le package rgdal.
library("rgdal")## Loading required package: sp## rgdal: version: 1.5-23, (SVN revision 1121)
## Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
## Loaded GDAL runtime: GDAL 3.2.1, released 2020/12/29
## Path to GDAL shared files: C:/Program Files/R/R-4.0.4/library/rgdal/gdal
## GDAL binary built with GEOS: TRUE
## Loaded PROJ runtime: Rel. 7.2.1, January 1st, 2021, [PJ_VERSION: 721]
## Path to PROJ shared files: C:/Program Files/R/R-4.0.4/library/rgdal/proj
## PROJ CDN enabled: FALSE
## Linking to sp version:1.4-5
## To mute warnings of possible GDAL/OSR exportToProj4() degradation,
## use options("rgdal_show_exportToProj4_warnings"="none") before loading rgdal.
## Overwritten PROJ_LIB was C:/Program Files/R/R-4.0.4/library/rgdal/proj# Lecture du GeoJSon
les_arbres <- readOGR("data/les-arbres.geojson", "les-arbres", encoding = "UTF-8",
use_iconv = TRUE)## OGR data source with driver: GeoJSON
## Source: "C:\Users\emarc\AppData\Local\Gitted\Blog\TheConversation151386\data\les-arbres.geojson", layer: "les-arbres"
## with 204638 features
## It has 16 fields, of which 1 list fieldsLecture du fichier des arrondissements.
arrondissements <- readOGR("data/arrondissements.geojson", layer = "COMMUNE_ARRONDISSEMENT_BOIS",
encoding = "UTF-8", use_iconv = TRUE)## OGR data source with driver: GeoJSON
## Source: "C:\Users\emarc\AppData\Local\Gitted\Blog\TheConversation151386\data\arrondissements.geojson", layer: "COMMUNE_ARRONDISSEMENT_BOIS"
## with 1291 features
## It has 10 fields# Filtrage des 20 arrondissements sans les Bois
arrondissements <- arrondissements[arrondissements@data$C_CAINSEE%/%1000 == 75 &
arrondissements@data$B_BOIS == "N", ]
# Arrondissement décrit par son numéro
library("tidyverse")## -- Attaching packages --------------------------------------- tidyverse 1.3.0 --## v ggplot2 3.3.3 v purrr 0.3.4
## v tibble 3.1.0 v dplyr 1.0.5
## v tidyr 1.1.3 v stringr 1.4.0
## v readr 1.4.0 v forcats 0.5.1## -- Conflicts ------------------------------------------ tidyverse_conflicts() --
## x dplyr::filter() masks stats::filter()
## x dplyr::lag() masks stats::lag()arrondissements@data$L_CAB <- str_replace(arrondissements@data$L_CAB, "er", "")
arrondissements@data$L_CAB <- str_replace(arrondissements@data$L_CAB, "e", "")
arrondissements@data$L_CAB <- str_replace(arrondissements@data$L_CAB, "ème", "")
library("sp")
plot(arrondissements)
Datum
Projection des données dans le référentiel Lambert 93 pour avoir des coordonnées en mètres.
les_arbres_Lambert93 <- les_arbres %>% spTransform(CRS("+init=epsg:2154"))
arrondissements_Lambert93 <- arrondissements %>% spTransform(CRS("+init=epsg:2154"))Choix des données
Le nombre total d’arbres est 204638.
Domanialité
library("tidyverse")
les_arbres@data %>%
group_by(domanialite) %>%
summarise(Nombre=n()) %>%
arrange(desc(Nombre))## # A tibble: 9 x 2
## domanialite Nombre
## <chr> <int>
## 1 Alignement 105941
## 2 Jardin 48295
## 3 CIMETIERE 32174
## 4 DASCO 7136
## 5 PERIPHERIQUE 5291
## 6 DJS 4370
## 7 DFPE 1393
## 8 DAC 27
## 9 DASES 11Traduction des sigles:
data.frame(Sigle = c("DASCO", "DJS", "DFPE", "DAC", "DASES"),
Signification = c("Ecoles", "Equipements sportifs", "Crèches", "Equipements culturels", "Action sociale")) %>%
knitr::kable(caption="Domanialité", longtable = TRUE, booktabs = TRUE) %>%
kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = "striped", full_width = FALSE)| Sigle | Signification |
|---|---|
| DASCO | Ecoles |
| DJS | Equipements sportifs |
| DFPE | Crèches |
| DAC | Equipements culturels |
| DASES | Action sociale |
Les arbres référencés sont les arbres d’alignement, ceux des jardins, des cimetières, des équipements municipaux (écoles, etc.), du périphérique. Les arbres des bois de Boulogne et Vincennes sont seulement ceux des équipements municipaux. Les parcs non municipaux, comme le Jardin des Tuileries ou celui du Luxembourg, ne sont pas cartographiés.
Lieu
les_arbres@data %>%
group_by(arrondissement) %>%
summarise(Nombre=n()) %>%
arrange(desc(Nombre))## # A tibble: 25 x 2
## arrondissement Nombre
## <chr> <int>
## 1 PARIS 15E ARRDT 17226
## 2 PARIS 13E ARRDT 16892
## 3 PARIS 16E ARRDT 16794
## 4 PARIS 20E ARRDT 15762
## 5 PARIS 19E ARRDT 14489
## 6 PARIS 12E ARRDT 12612
## 7 SEINE-SAINT-DENIS 11939
## 8 BOIS DE VINCENNES 11831
## 9 PARIS 14E ARRDT 11702
## 10 PARIS 17E ARRDT 10859
## # ... with 15 more rowsOn gardera donc les données de Paris intra-muros seulement (Arrondissement numéroté) pour éliminer les Bois et la banlieue.
Extraction
Préparation du jeu de données.
les_arbres@data %>%
# Ajout des colonnes de coordonnées
bind_cols(as.data.frame(les_arbres_Lambert93@coords)) %>%
# Sélection des colonnes
select(-typeemplacement, -geo_point_2d1, -geo_point_2d2, -complementadresse) %>%
# Suppression des facteurs avant de manipuler les chaînes de caractères
mutate(arrondissement=as.character(arrondissement)) %>%
mutate(adresse=as.character(adresse)) %>%
# Filtrage des lignes
dplyr::filter(str_detect(arrondissement, "^PARIS")) %>%
# Filtrage des lignes : élimination de DAC et DASES (trop marginal)
dplyr::filter(domanialite!="DAC") %>%
dplyr::filter(domanialite!="DASES") %>%
# Ajout d'une colonne Genre espèce
mutate(spName=paste(genre, espece)) %>%
# Arrondissement décrit par son numéro
mutate(arrondissement=str_replace(arrondissement, "PARIS ", "")) %>%
mutate(arrondissement=str_replace(arrondissement, "E ARRDT", "")) %>%
mutate(arrondissement=str_replace(arrondissement, "ER ARRDT", "")) %>%
# Simplification des adresses pour rassembler les données des cimetières
mutate(adresse=str_trim(ifelse(str_detect(as.character(adresse), "^CIMETIERE "), str_split(as.character(adresse), "/", simplify=TRUE)[, 1], as.character(adresse)))) %>%
# Adresse unique pour les espaces répartis sur plusieurs arrondissements et de plusieurs domanialités
mutate(adresse = paste(adresse, arrondissement, domanialite)) ->
les_arbres_dfDonnées de l’article
Espèces
library("entropart")
les_arbres_df %>%
group_by(spName) %>%
summarise(Nombre=n(), .groups='drop') %>%
arrange(desc(Nombre)) ->
AbdFreqCountEspèces les plus fréquentes :
AbdFreqCount## # A tibble: 651 x 2
## spName Nombre
## <chr> <int>
## 1 Platanus x hispanica 33279
## 2 Aesculus hippocastanum 15468
## 3 Sophora japonica 10675
## 4 Tilia tomentosa 6994
## 5 Acer platanoides 4412
## 6 Acer pseudoplatanus 4360
## 7 Aesculus x carnea 3950
## 8 Celtis australis 3578
## 9 Tilia x europaea 3558
## 10 Platanus occidentalis 3171
## # ... with 641 more rowsLe nombre total d’espèces est 651. La liste complète est en annexe.
Diagramme rang-abondance des espèces :
AbdFreqCount %>%
with(Nombre) %>%
as.AbdVector %>%
autoplot
Diversité par domanialité
Calcul de richesse et Simpson
Calcul de la richesse et de Simpson par adresse.
library("SpatDiv")## Loading required package: RcppEntropie <- les_arbres_df %>% group_by(domanialite, arrondissement, adresse) %>%
summarise(Nombre = n(), Richesse = Richness(spName, Correction = "None"), Simpson = Simpson(spName,
Correction = "None"), .groups = "drop") %>% arrange(desc(Richesse))
# Recodage des domanialités pour les figures
type_espace <- recode(Entropie$domanialite, Alignement = "Alignements", Jardin = "Jardins",
CIMETIERE = "Cimetières", PERIPHERIQUE = "Périphérique")
Entropie <- cbind(Entropie, type_espace)Richesse par domanialité
Entropie %>%
group_by(domanialite) %>%
summarise(Nombre = n(),
Médiane = median(Richesse),
EcartType = sd(Richesse,),
.groups='drop')## # A tibble: 7 x 4
## domanialite Nombre Médiane EcartType
## <chr> <int> <dbl> <dbl>
## 1 Alignement 2040 2 2.58
## 2 CIMETIERE 16 15 35.3
## 3 DASCO 674 3 3.16
## 4 DFPE 247 2 2.56
## 5 DJS 103 5 10.3
## 6 Jardin 760 5 19.3
## 7 PERIPHERIQUE 210 4 5.16Entropie %>%
dplyr::filter(domanialite %in% c("Alignement", "CIMETIERE", "Jardin", "PERIPHERIQUE")) %>%
ggplot(aes(x=type_espace, y=Richesse)) +
geom_boxplot() +
scale_y_continuous(trans = "log10") +
xlab("Domanialité") 
### Simpson par domanialité
Entropie %>%
group_by(domanialite) %>%
summarise(Nombre = n(),
Médiane = median(Simpson),
EcartType = sd(Simpson),
.groups='drop')## # A tibble: 7 x 4
## domanialite Nombre Médiane EcartType
## <chr> <int> <dbl> <dbl>
## 1 Alignement 2040 0.0583 0.254
## 2 CIMETIERE 16 0.779 0.289
## 3 DASCO 674 0.58 0.277
## 4 DFPE 247 0.5 0.331
## 5 DJS 103 0.72 0.328
## 6 Jardin 760 0.642 0.330
## 7 PERIPHERIQUE 210 0.536 0.322Entropie %>%
dplyr::filter(domanialite %in% c("Alignement", "CIMETIERE", "Jardin", "PERIPHERIQUE")) %>%
ggplot(aes(x=type_espace, y=Simpson)) +
geom_boxplot() +
xlab("Domanialité") 
Diversité par arrondissement
Diversité des arrondissements 8, 11 et 16:
les_arbres_df %>% group_by(arrondissement, adresse) %>% summarise(NumberofTrees = n(),
Entropy0 = Tsallis(spName, q = 0, Correction = "None"), Entropy2 = Tsallis(spName,
q = 2, Correction = "None"), .groups = "drop") %>% group_by(arrondissement) %>%
summarise(nAdresses = n(), alphaRichness = weighted.mean(Entropy0, NumberofTrees),
alphaSimpson = weighted.mean(Entropy2, NumberofTrees), .groups = "drop") %>%
dplyr::filter(arrondissement %in% c("8", "11", "16"))## # A tibble: 3 x 4
## arrondissement nAdresses alphaRichness alphaSimpson
## <chr> <int> <dbl> <dbl>
## 1 11 183 5.88 0.465
## 2 16 273 23.3 0.471
## 3 8 91 15.5 0.385Pour Paris entier (intra muros):
les_arbres_df %>% summarise(NumberofTrees = n(), Richness = Tsallis(spName, q = 0,
Correction = "None"), Simpson = Tsallis(spName, q = 2, Correction = "None"))## NumberofTrees Richness Simpson
## 1 163677 650 0.9373266Diversités \(\alpha\) et \(\beta\)
Diversité \(\alpha\) des parcs
Filtrage des donnnées de parcs (jardins) uniquement et calcul de la richesse et Simpson par arrondissement.
# Alpha
PGDiversite <- les_arbres_df %>% dplyr::filter(domanialite == "Jardin") %>% group_by(arrondissement,
adresse) %>% summarise(NumberofTrees = n(), Entropy0 = Tsallis(spName, q = 0,
Correction = "None"), .groups = "drop") %>% group_by(arrondissement) %>% summarise(NumberOfGardens = n(),
alphaRichness = expq(weighted.mean(Entropy0, NumberofTrees), q = 0), .groups = "drop")
# Plot
merge(arrondissements_Lambert93, PGDiversite, by.x = "L_CAB", by.y = "arrondissement") %>%
spplot(zcol = "alphaRichness") %>% suppressWarnings
Richesse moyenne des parcs, par arrondissement.
Diversité \(\beta\) des parcs
# Gamma
PGDiversite <- les_arbres_df %>% dplyr::filter(domanialite == "Jardin") %>% group_by(arrondissement) %>%
summarise(NumberOfTrees = n(), gammaRichness = Richness(spName, Correction = "None"),
.groups = "drop") %>% merge(PGDiversite) %>% mutate(betaRichness = gammaRichness/alphaRichness)
# Plot
merge(arrondissements_Lambert93, PGDiversite, by.x = "L_CAB", by.y = "arrondissement") %>%
spplot(zcol = "betaRichness")
Richesse totale divisée par la richesse moyenne des parcs, par arrondissement.
Décomposition de la diversité
Richesse des parcs des 16ème et 20ème arrondissements:
PGDiversite[PGDiversite$arrondissement %in% c("16", "20"), c("arrondissement", "alphaRichness",
"betaRichness", "gammaRichness")]## arrondissement alphaRichness betaRichness gammaRichness
## 8 16 91.32718 3.854274 352
## 13 20 25.77289 8.691302 224Annexe : liste complète des espèces
knitr::kable(AbdFreqCount[order(AbdFreqCount$spName), ], longtable = TRUE, booktabs = TRUE) %>%
kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = "striped", full_width = FALSE)| spName | Nombre |
|---|---|
| Abelia n. sp. | 1 |
| Abelia triflora | 1 |
| Abies alba | 1 |
| Abies bracteata | 26 |
| Abies concolor | 11 |
| Abies n. sp. | 14 |
| Abies nordmanniana | 5 |
| Abies numidica | 2 |
| Abies pinsapo | 16 |
| Acacia dealbata | 14 |
| Acacia n. sp. | 1 |
| Acacia NA | 2 |
| Acca sellowiana | 2 |
| Acer buergerianum | 85 |
| Acer campestre | 1202 |
| Acer capillipes | 12 |
| Acer cappadocicum | 179 |
| Acer carpinifolium | 4 |
| Acer cissifolium | 2 |
| Acer davidii | 59 |
| Acer davidii subsp. grosseri | 3 |
| Acer freemanii | 132 |
| Acer griseum | 22 |
| Acer heldreichii | 1 |
| Acer henryi | 1 |
| Acer japonicum | 12 |
| Acer macrophyllum | 1 |
| Acer monspessulanum | 311 |
| Acer n. sp. | 212 |
| Acer NA | 17 |
| Acer negundo | 635 |
| Acer negundo subsp. Californicum | 5 |
| Acer opalus | 28 |
| Acer palmatum | 123 |
| Acer pensylvanicum | 2 |
| Acer pictum | 1 |
| Acer platanoides | 4412 |
| Acer pseudoplatanus | 4360 |
| Acer rubrum | 102 |
| Acer rufinerve | 15 |
| Acer saccharinum | 437 |
| Acer saccharum | 8 |
| Acer tataricum subsp. ginnala | 99 |
| Acer triflorum | 2 |
| Acer x coriaceum | 1 |
| Acer x durettii | 2 |
| Acer x zoeschense | 23 |
| Aesculus chinensis | 1 |
| Aesculus flava | 22 |
| Aesculus hippocastanum | 15468 |
| Aesculus n. sp. | 421 |
| Aesculus NA | 5 |
| Aesculus parviflora | 1 |
| Aesculus pavia | 56 |
| Aesculus x carnea | 3950 |
| Aesculus x mutabilis | 1 |
| Ailanthus altissima | 723 |
| Ailanthus giraldii | 4 |
| Ailanthus n. sp. | 1 |
| Ailanthus NA | 2 |
| Alangium n. sp. | 1 |
| Alangium sinensis | 1 |
| Albizia julibrissin | 249 |
| Albizia n. sp. | 2 |
| Albizia NA | 3 |
| Alnus cordata | 219 |
| Alnus glutinosa | 136 |
| Alnus incana | 37 |
| Alnus n. sp. | 31 |
| Alnus NA | 2 |
| Alnus x spaethii | 41 |
| Amelanchier alnifolia | 2 |
| Amelanchier arborea | 49 |
| Amelanchier laevis | 19 |
| Amelanchier lamarckii | 242 |
| Amelanchier n. sp. | 53 |
| Amelanchier NA | 23 |
| Amelanchier ovalis | 2 |
| Aralia elata | 10 |
| Aralia spinosa | 1 |
| Araucaria araucana | 15 |
| Arbutus unedo | 17 |
| Aronia n. sp. | 1 |
| Asimina triloba | 2 |
| Betula albosinensis | 14 |
| Betula alleghaniensis | 1 |
| Betula davurica | 1 |
| Betula ermanii | 7 |
| Betula lenta | 2 |
| Betula maximowicziana | 1 |
| Betula medwediewii | 1 |
| Betula n. sp. | 191 |
| Betula NA | 5 |
| Betula nigra | 47 |
| Betula papyrifera | 65 |
| Betula pendula | 1121 |
| Betula pendula var. pendula | 12 |
| Betula populifolia | 15 |
| Betula pubescens | 52 |
| Betula utilis | 348 |
| Brachychiton acerifolius | 1 |
| Brahea armata | 2 |
| Broussonetia papyrifera | 106 |
| Buddleja davidii | 2 |
| Buxus balearica | 2 |
| Buxus n. sp. | 2 |
| Buxus NA | 1 |
| Buxus sempervirens | 49 |
| Callistemon viminalis | 2 |
| Calocedrus decurrens | 55 |
| Caragana pekinensis | 1 |
| Carica papaya | 1 |
| Carpinus betulus | 2529 |
| Carpinus cordata | 1 |
| Carpinus japonica | 8 |
| Carpinus n. sp. | 8 |
| Carpinus NA | 5 |
| Carpinus orientalis | 3 |
| Carpinus turczaninowii | 1 |
| Carya illinoinensis | 3 |
| Carya n. sp. | 3 |
| Carya ovata | 1 |
| Carya tomentosa | 1 |
| Castanea n. sp. | 1 |
| Castanea sativa | 15 |
| Catalpa bignonioides | 507 |
| Catalpa bungei | 4 |
| Catalpa n. sp. | 5 |
| Catalpa ovata | 2 |
| Catalpa speciosa | 2 |
| Catalpa xerubescens | 6 |
| Cedrus deodara | 189 |
| Cedrus libani | 425 |
| Cedrus libani subsp. atlantica | 45 |
| Cedrus n. sp. | 35 |
| Cedrus NA | 3 |
| Celtis australis | 3578 |
| Celtis cerasifera | 1 |
| Celtis jessoensis | 1 |
| Celtis koraiensis | 1 |
| Celtis laevigata | 1 |
| Celtis n. sp. | 18 |
| Celtis NA | 33 |
| Celtis occidentalis | 99 |
| Celtis sinensis | 1 |
| Cephalotaxus fortunei | 5 |
| Cephalotaxus harringtonii | 18 |
| Cephalotaxus NA | 1 |
| Cercidiphyllum japonicum | 156 |
| Cercis canadensis | 12 |
| Cercis chinensis | 1 |
| Cercis n. sp. | 4 |
| Cercis siliquastrum | 958 |
| Chamaecyparis humilis | 1 |
| Chamaecyparis lawsoniana | 98 |
| Chamaecyparis n. sp. | 109 |
| Chamaecyparis NA | 2 |
| Chamaecyparis nootkatensis | 25 |
| Chamaecyparis pisifera | 21 |
| Chimonanthus praecox | 2 |
| Cinnamomum camphora | 2 |
| Cladrastis kentukea | 23 |
| Cladrastis n. sp. | 4 |
| Cladrastis sinensis | 14 |
| Clerodendrum NA | 1 |
| Clerodendrum trichotomum | 36 |
| Clerodendrum trichotomum var. fargesii | 7 |
| Cordyline australis | 1 |
| Cornus controversa | 9 |
| Cornus florida | 4 |
| Cornus kousa | 4 |
| Cornus kousa var. chinensis | 1 |
| Cornus macrophylla | 1 |
| Cornus mas | 201 |
| Cornus n. sp. | 33 |
| Cornus NA | 7 |
| Cornus officinalis | 8 |
| Cornus sanguinea | 8 |
| Corylus avellana | 74 |
| Corylus colurna | 2142 |
| Corylus maxima | 3 |
| Corylus n. sp. | 10 |
| Corylus NA | 2 |
| Cotinus coggygria | 6 |
| Cotinus obovatus | 2 |
| Cotoneaster franchetii | 1 |
| Cotoneaster n. sp. | 9 |
| Crataegus baccata | 1 |
| Crataegus crus-galli | 3 |
| Crataegus laevigata | 200 |
| Crataegus monogyna | 47 |
| Crataegus monogyna var. monogyna | 1 |
| Crataegus n. sp. | 112 |
| Crataegus NA | 6 |
| Crataegus x lavalleei | 18 |
| Crataegus x media | 34 |
| Crataegus x persimilis | 1 |
| Cryptomeria japonica | 10 |
| Cryptomeria NA | 1 |
| Cunninghamia lanceolata | 2 |
| Cupressus arizonica | 60 |
| Cupressus funebris | 2 |
| Cupressus n. sp. | 21 |
| Cupressus NA | 1 |
| Cupressus sempervirens | 263 |
| Cydonia NA | 2 |
| Cydonia oblonga | 49 |
| Davidia involucrata | 4 |
| Davidia involucrata var. vilmoriniana | 16 |
| Diospyros kaki | 24 |
| Diospyros lotus | 64 |
| Diospyros n. sp. | 3 |
| Diospyros virginiana | 4 |
| Ehretia dicksonii | 27 |
| Ehretia macrophylla | 2 |
| Ehretia Macrophylla Wall. | 1 |
| Ehretia n. sp. | 2 |
| Ehretia NA | 1 |
| Elaeagnus angustifolia | 162 |
| Elaeagnus n. sp. | 3 |
| Elaeagnus umbellata | 1 |
| Enkianthus chinensis | 1 |
| Eriobotrya japonica | 38 |
| Eucalyptus gunnii | 36 |
| Eucalyptus n. sp. | 18 |
| Eucalyptus NA | 4 |
| Eucalyptus pauciflora | 5 |
| Eucommia ulmoides | 4 |
| Euonymus europaeus | 14 |
| Euonymus n. sp. | 2 |
| Euscaphis japonica | 1 |
| Fagus japonica | 1 |
| Fagus n. sp. | 7 |
| Fagus NA | 2 |
| Fagus sylvatica | 1376 |
| Ficus carica | 70 |
| Ficus n. sp. | 1 |
| Firmiana simplex | 10 |
| Fontanesia phillyreoides | 30 |
| Fontanesia phillyreoides subsp. fortunei | 8 |
| Fraxinus americana | 275 |
| Fraxinus angustifolia | 499 |
| Fraxinus excelsior | 2429 |
| Fraxinus n. sp. | 313 |
| Fraxinus NA | 3 |
| Fraxinus ornus | 772 |
| Fraxinus pennsylvanica | 12 |
| Fraxinus quadrangulata | 1 |
| Fremontodendron californicum | 2 |
| Genista NA | 1 |
| Ginkgo biloba | 950 |
| Gleditsia n. sp. | 4 |
| Gleditsia NA | 1 |
| Gleditsia sinensis | 4 |
| Gleditsia triacanthos | 796 |
| Gleditsia triacanthos f. Inermis | 640 |
| Gymnocladus dioica | 225 |
| Gymnocladus n. sp. | 3 |
| Gymnocladus NA | 4 |
| Halesia carolina | 9 |
| Halesia monticola | 6 |
| Heptacodium miconioides | 1 |
| Hibiscus syriacus | 16 |
| Hippophae rhamnoides | 2 |
| Hovenia dulcis | 1 |
| Idesia polycarpa | 1 |
| Ilex aquifolium | 290 |
| Ilex n. sp. | 10 |
| Ilex NA | 2 |
| Juglans n. sp. | 29 |
| Juglans nigra | 560 |
| Juglans regia | 62 |
| Juniperus communis | 8 |
| Juniperus n. sp. | 1 |
| Juniperus virginiana | 1 |
| Koelreuteria n. sp. | 3 |
| Koelreuteria NA | 1 |
| Koelreuteria paniculata | 616 |
| Laburnum anagyroides | 45 |
| Laburnum n. sp. | 4 |
| Laburnum x watereri | 3 |
| Lagerstroemia indica | 541 |
| Lagerstroemia japonicum | 1 |
| Lagerstroemia n. sp. | 8 |
| Lagerstroemia NA | 2 |
| Larix decidua | 16 |
| Larix n. sp. | 1 |
| Laurus n. sp. | 2 |
| Laurus nobilis | 28 |
| Ligustrum japonicum | 112 |
| Ligustrum lucidum | 214 |
| Ligustrum n. sp. | 16 |
| Ligustrum NA | 7 |
| Ligustrum ovalifolium | 4 |
| Ligustrum sinense | 9 |
| Liquidambar acalycina | 1 |
| Liquidambar formosana | 1 |
| Liquidambar n. sp. | 5 |
| Liquidambar NA | 1 |
| Liquidambar styraciflua | 550 |
| Liriodendron NA | 1 |
| Liriodendron tulipifera | 667 |
| Lonicera maackii | 6 |
| Lonicera n. sp. | 1 |
| Luma chequen | 2 |
| Maackia amurensis | 2 |
| Maclura pomifera | 59 |
| Magnolia denudata | 3 |
| Magnolia grandiflora | 722 |
| Magnolia kobus | 162 |
| Magnolia n. sp. | 24 |
| Magnolia NA | 7 |
| Magnolia sieboldii | 2 |
| Magnolia stellata | 20 |
| Magnolia tripetala | 4 |
| Magnolia x brooklynensis | 3 |
| Magnolia x loebneri | 19 |
| Magnolia x soulangeana | 121 |
| Malus baccata | 11 |
| Malus domestica | 1005 |
| Malus Fleur n. sp. | 12 |
| Malus floribunda | 164 |
| Malus Fruit n. sp. | 11 |
| Malus hupehensis | 1 |
| Malus ioensis | 8 |
| Malus n. sp. | 285 |
| Malus NA | 181 |
| Malus prunifolia | 1 |
| Malus pumila | 83 |
| Malus spectabilis | 4 |
| Malus sylvestris | 50 |
| Malus toringo | 22 |
| Malus toringo var. sargentii | 11 |
| Malus toringoides | 23 |
| Malus transitoria | 1 |
| Malus trilobata | 154 |
| Malus tschonoskii | 262 |
| Malus x atrosanguinea | 7 |
| Malus x purpurea | 11 |
| Malus x zumi | 15 |
| Melia azedarach | 68 |
| Mespilus germanica | 29 |
| Metasequoia glyptostroboides | 65 |
| Morus alba | 536 |
| Morus n. sp. | 79 |
| Morus NA | 4 |
| Morus nigra | 53 |
| NA NA | 1 |
| Non spécifié n. sp. | 610 |
| Non spécifié NA | 118 |
| Non spécifié occidentalis | 1 |
| Nothofagus antarctica | 4 |
| Nothofagus antarctica var. uliginosa | 18 |
| Nothofagus n. sp. | 1 |
| Nothofagus obliqua | 2 |
| Nyssa sylvatica | 14 |
| Olea europaea | 68 |
| Olea europea | 15 |
| Olea NA | 1 |
| Osmanthus heterophyllus | 2 |
| Osmanthus n. sp. | 1 |
| Osmanthus x burkwoodii | 4 |
| Ostrya carpinifolia | 658 |
| Ostrya virginiana | 1 |
| Parrotia NA | 2 |
| Parrotia persica | 342 |
| Paulownia n. sp. | 9 |
| Paulownia NA | 4 |
| Paulownia tomentosa | 1341 |
| Phellodendron amurense | 22 |
| Phellodendron chinense | 2 |
| Phellodendron japonicum | 1 |
| Philadelphus coronarius | 1 |
| Phillyrea angustifolia | 41 |
| Phillyrea latifolia | 12 |
| Phillyrea n. sp. | 4 |
| Phillyrea NA | 1 |
| Phoenix canariensis | 2 |
| Photinia glabra | 1 |
| Photinia n. sp. | 1 |
| Photinia x fraseri | 80 |
| Picea abies | 66 |
| Picea breweriana | 1 |
| Picea engelmannii | 2 |
| Picea glauca | 1 |
| Picea mariana | 1 |
| Picea n. sp. | 15 |
| Picea omorika | 4 |
| Picea orientalis | 6 |
| Picea pungens | 26 |
| Picea pungens f. Glauca | 8 |
| Pinus banksiana | 1 |
| Pinus bungeana | 5 |
| Pinus cembra | 2 |
| Pinus halepensis | 5 |
| Pinus heldreichii | 2 |
| Pinus jeffreyi | 1 |
| Pinus mugo | 26 |
| Pinus n. sp. | 104 |
| Pinus NA | 5 |
| Pinus nigra | 1495 |
| Pinus nigra subsp. laricio | 187 |
| Pinus nigra subsp. nigra | 1086 |
| Pinus nigra subsp. salzmannii | 3 |
| Pinus parviflora | 9 |
| Pinus pinaster | 26 |
| Pinus pinea | 98 |
| Pinus radiata | 2 |
| Pinus strobus | 35 |
| Pinus sylvestris | 456 |
| Pinus wallichiana | 124 |
| Pistacia terebinthus | 1 |
| Pittosporum n. sp. | 3 |
| Platanus n. sp. | 233 |
| Platanus NA | 30 |
| Platanus occidentalis | 3171 |
| Platanus orientalis | 868 |
| Platanus x hispanica | 33279 |
| Platycarya strobilacea | 1 |
| Platycladus NA | 1 |
| Platycladus orientalis | 39 |
| Poliothyrsis sinensis | 1 |
| Poncirus NA | 1 |
| Poncirus trifoliata | 6 |
| Populus alba | 555 |
| Populus canadensis | 1 |
| Populus deltoides | 44 |
| Populus lasiocarpa | 7 |
| Populus n. sp. | 177 |
| Populus NA | 10 |
| Populus nigra | 879 |
| Populus simonii | 79 |
| Populus szechuanica var. tibetica | 1 |
| Populus tremula | 74 |
| Populus x berolinensis | 5 |
| Populus x canadensis | 725 |
| Populus x canescens | 133 |
| Prunus armeniaca | 56 |
| Prunus avium | 809 |
| Prunus cerasifera | 789 |
| Prunus cerasus | 35 |
| Prunus davidiana | 1 |
| Prunus domestica | 101 |
| Prunus dulcis | 50 |
| Prunus Fleur n. sp. | 18 |
| Prunus Fruit n. sp. | 6 |
| Prunus glandulosa | 1 |
| Prunus incisa | 3 |
| Prunus japonica | 4 |
| Prunus laurocerasus | 38 |
| Prunus lusitanica | 116 |
| Prunus lusitanica subsp.azorica | 2 |
| Prunus maackii | 126 |
| Prunus mahaleb | 20 |
| Prunus mandshurica | 3 |
| Prunus n. sp. | 451 |
| Prunus NA | 168 |
| Prunus nigra | 3 |
| Prunus padus | 418 |
| Prunus pendula | 2 |
| Prunus persica | 86 |
| Prunus persica var.nucipersica | 1 |
| Prunus sargentii | 59 |
| Prunus serotina | 1 |
| Prunus serrula | 174 |
| Prunus serrulata | 2041 |
| Prunus spinosa | 27 |
| Prunus triloba | 3 |
| Prunus virginiana | 2 |
| Prunus x blireana | 12 |
| Prunus x gondouinii | 1 |
| Prunus x hillieri | 69 |
| Prunus x schmittii | 125 |
| Prunus x subhirtella | 425 |
| Prunus x yedoensis | 37 |
| Pseudotsuga menziesii | 3 |
| Ptelea trifoliata | 6 |
| Pterocarya fraxinifolia | 567 |
| Pterocarya n. sp. | 28 |
| Pterocarya NA | 1 |
| Pterocarya stenoptera | 7 |
| Pterocarya x rehderiana | 1 |
| Pterostyrax hispida | 5 |
| Punica granatum | 5 |
| Pyrus calleryana | 2977 |
| Pyrus communis | 737 |
| Pyrus Fleur n. sp. | 23 |
| Pyrus Fruit n. sp. | 8 |
| Pyrus n. sp. | 76 |
| Pyrus NA | 20 |
| Pyrus nivalis | 20 |
| Pyrus pyrifolia | 15 |
| Pyrus salicifolia | 259 |
| Quercus acutissima | 3 |
| Quercus bicolor | 1 |
| Quercus canariensis | 1 |
| Quercus castaneifolia | 15 |
| Quercus cerris | 314 |
| Quercus coccifera | 26 |
| Quercus coccinea | 33 |
| Quercus dentata | 4 |
| Quercus frainetto | 58 |
| Quercus ilex | 761 |
| Quercus imbricaria | 21 |
| Quercus macranthera | 6 |
| Quercus macrocarpa | 4 |
| Quercus marilandica | 2 |
| Quercus n. sp. | 133 |
| Quercus NA | 2 |
| Quercus nigra | 1 |
| Quercus palustris | 37 |
| Quercus petraea | 59 |
| Quercus petraea subsp. dschorochensis | 1 |
| Quercus phellos | 22 |
| Quercus phillyreoides | 2 |
| Quercus pontica | 3 |
| Quercus pubescens | 61 |
| Quercus pyrenaica | 4 |
| Quercus robur | 575 |
| Quercus rubra | 451 |
| Quercus rysophylla | 1 |
| Quercus serrata | 3 |
| Quercus suber | 24 |
| Quercus suber subsp. Occidentalis | 1 |
| Quercus variabilis | 1 |
| Quercus x hispanica | 5 |
| Quercus x turneri | 17 |
| Rhamnus alaternus | 2 |
| Rhododendron arboreum | 8 |
| Rhus n. sp. | 1 |
| Rhus typhina | 44 |
| Robinia hispida | 2 |
| Robinia n. sp. | 7 |
| Robinia NA | 7 |
| Robinia pseudoacacia | 1998 |
| Robinia viscosa | 3 |
| Robinia x ambigua | 11 |
| Robinia x margaretta | 15 |
| Salix alba | 199 |
| Salix aurita | 11 |
| Salix babylonica | 55 |
| Salix babylonica var. pekinensis | 11 |
| Salix caprea | 20 |
| Salix cinerea | 2 |
| Salix exigua | 1 |
| Salix n. sp. | 23 |
| Salix NA | 3 |
| Salix purpurea | 2 |
| Salix rosmarinifolia | 1 |
| Salix viminalis | 9 |
| Salix x Sepulcralis | 9 |
| Sambucus n. sp. | 4 |
| Sambucus NA | 4 |
| Sambucus nigra | 121 |
| Sapindus mukorossi | 1 |
| Sassafras albidum | 3 |
| Sequoia sempervirens | 42 |
| Sequoiadendron giganteum | 53 |
| Sequoiadendron sempervirens | 1 |
| Sophora japonica | 10675 |
| Sophora japonica var. pubescens | 3 |
| Sophora microphylla | 1 |
| Sophora n. sp. | 56 |
| Sophora NA | 7 |
| Sorbus aria | 180 |
| Sorbus aucuparia | 139 |
| Sorbus aucuparia var. edulis | 10 |
| Sorbus decora | 1 |
| Sorbus domestica | 5 |
| Sorbus intermedia | 41 |
| Sorbus latifolia | 11 |
| Sorbus n. sp. | 26 |
| Sorbus NA | 3 |
| Sorbus padus | 1 |
| Sorbus scalaris | 1 |
| Sorbus torminalis | 22 |
| Sorbus vilmorinii | 1 |
| Sorbus x arnoldiana | 1 |
| Sorbus x thuringiaca | 3 |
| Stachyurus NA | 1 |
| Staphylea colchica | 2 |
| Styrax japonicus | 2 |
| Styrax NA | 1 |
| Sycopsis sinensis | 1 |
| Syringa n. sp. | 1 |
| Syringa vulgaris | 1 |
| Syringa x chinensis | 1 |
| Tamarix n. sp. | 10 |
| Tamarix parviflora | 1 |
| Tamarix ramosissima | 1 |
| Tamarix tetrandra | 3 |
| Taxodium distichum | 15 |
| Taxus baccata | 1767 |
| Taxus baccata f. Aurea | 1 |
| Taxus n. sp. | 2 |
| Taxus NA | 11 |
| Taxus x media | 1 |
| Tetradium daniellii | 58 |
| Tetradium daniellii var. hupehensis | 2 |
| Tetradium n. sp. | 1 |
| Tetradium NA | 1 |
| Thuja n. sp. | 172 |
| Thuja NA | 2 |
| Thuja occidentalis | 51 |
| Thuja plicata | 79 |
| Thujopsis dolabrata | 1 |
| Tilia americana | 181 |
| Tilia cordata | 2685 |
| Tilia dasystyla | 32 |
| Tilia henryana | 61 |
| Tilia heterophylla | 1 |
| Tilia mongolica | 86 |
| Tilia n. sp. | 1696 |
| Tilia NA | 34 |
| Tilia platyphyllos | 1412 |
| Tilia tomentosa | 6994 |
| Tilia x europaea | 3558 |
| Tilia x flavescens | 166 |
| Toona n. sp. | 2 |
| Toona NA | 2 |
| Toona sinensis | 880 |
| Torreya californica | 2 |
| Torreya n. sp. | 4 |
| Trachycarpus fortunei | 218 |
| Trachycarpus n. sp. | 7 |
| Trachycarpus NA | 1 |
| Trachycarpus wagnerianus | 3 |
| Tsuga canadensis | 1 |
| Tsuga heterophylla | 5 |
| Ulmus americana | 1 |
| Ulmus glabra | 17 |
| Ulmus glabra Huds. | 65 |
| Ulmus minor | 224 |
| Ulmus minor var. vulgaris | 1 |
| Ulmus n. sp. | 522 |
| Ulmus NA | 958 |
| Ulmus pumila | 14 |
| Ulmus x hollandica | 2 |
| Viburnum odoratissimum | 3 |
| Viburnum tinus | 46 |
| Washingtonia robusta | 1 |
| x Chitalpa NA | 2 |
| x Chitalpa tashkentensis | 40 |
| x Cupressocyparis leylandii | 110 |
| x Cupressocyparis n. sp. | 5 |
| Zanthoxylum NA | 2 |
| Zanthoxylum simulans | 9 |
| Zelkova carpinifolia | 154 |
| Zelkova n. sp. | 24 |
| Zelkova serrata | 224 |
| Ziziphus jujuba | 1 |
Espèces indéterminées
Espèces notées “n. sp”:
nsp <- les_arbres_df %>% group_by(genre, espece) %>% summarise(Nombre = n(), .groups = "drop") %>%
dplyr::filter(espece == "n. sp.")
nsp## # A tibble: 84 x 3
## genre espece Nombre
## <chr> <chr> <int>
## 1 Abelia n. sp. 1
## 2 Abies n. sp. 14
## 3 Acacia n. sp. 1
## 4 Acer n. sp. 212
## 5 Aesculus n. sp. 421
## 6 Ailanthus n. sp. 1
## 7 Alangium n. sp. 1
## 8 Albizia n. sp. 2
## 9 Alnus n. sp. 31
## 10 Amelanchier n. sp. 53
## # ... with 74 more rowsEspèces non renseignées:
nasp <- les_arbres_df %>% group_by(genre, espece) %>% summarise(Nombre = n(), .groups = "drop") %>%
dplyr::filter(is.na(espece))
nasp## # A tibble: 68 x 3
## genre espece Nombre
## <chr> <chr> <int>
## 1 Acacia <NA> 2
## 2 Acer <NA> 17
## 3 Aesculus <NA> 5
## 4 Ailanthus <NA> 2
## 5 Albizia <NA> 3
## 6 Alnus <NA> 2
## 7 Amelanchier <NA> 23
## 8 Betula <NA> 5
## 9 Buxus <NA> 1
## 10 Carpinus <NA> 5
## # ... with 58 more rowsEspèces doublement notées “n. sp” et NA:
merge(nsp, nasp, by = "genre")## genre espece.x Nombre.x espece.y Nombre.y
## 1 Acacia n. sp. 1 <NA> 2
## 2 Acer n. sp. 212 <NA> 17
## 3 Aesculus n. sp. 421 <NA> 5
## 4 Ailanthus n. sp. 1 <NA> 2
## 5 Albizia n. sp. 2 <NA> 3
## 6 Alnus n. sp. 31 <NA> 2
## 7 Amelanchier n. sp. 53 <NA> 23
## 8 Betula n. sp. 191 <NA> 5
## 9 Buxus n. sp. 2 <NA> 1
## 10 Carpinus n. sp. 8 <NA> 5
## 11 Cedrus n. sp. 35 <NA> 3
## 12 Celtis n. sp. 18 <NA> 33
## 13 Chamaecyparis n. sp. 109 <NA> 2
## 14 Cornus n. sp. 33 <NA> 7
## 15 Corylus n. sp. 10 <NA> 2
## 16 Crataegus n. sp. 112 <NA> 6
## 17 Cupressus n. sp. 21 <NA> 1
## 18 Ehretia n. sp. 2 <NA> 1
## 19 Eucalyptus n. sp. 18 <NA> 4
## 20 Fagus n. sp. 7 <NA> 2
## 21 Fraxinus n. sp. 313 <NA> 3
## 22 Gleditsia n. sp. 4 <NA> 1
## 23 Gymnocladus n. sp. 3 <NA> 4
## 24 Ilex n. sp. 10 <NA> 2
## 25 Koelreuteria n. sp. 3 <NA> 1
## 26 Lagerstroemia n. sp. 8 <NA> 2
## 27 Ligustrum n. sp. 16 <NA> 7
## 28 Liquidambar n. sp. 5 <NA> 1
## 29 Magnolia n. sp. 24 <NA> 7
## 30 Malus n. sp. 285 <NA> 181
## 31 Morus n. sp. 79 <NA> 4
## 32 Non spécifié n. sp. 610 <NA> 118
## 33 Paulownia n. sp. 9 <NA> 4
## 34 Phillyrea n. sp. 4 <NA> 1
## 35 Pinus n. sp. 104 <NA> 5
## 36 Platanus n. sp. 233 <NA> 30
## 37 Populus n. sp. 177 <NA> 10
## 38 Prunus n. sp. 451 <NA> 168
## 39 Pterocarya n. sp. 28 <NA> 1
## 40 Pyrus n. sp. 76 <NA> 20
## 41 Quercus n. sp. 133 <NA> 2
## 42 Robinia n. sp. 7 <NA> 7
## 43 Salix n. sp. 23 <NA> 3
## 44 Sambucus n. sp. 4 <NA> 4
## 45 Sophora n. sp. 56 <NA> 7
## 46 Sorbus n. sp. 26 <NA> 3
## 47 Taxus n. sp. 2 <NA> 11
## 48 Tetradium n. sp. 1 <NA> 1
## 49 Thuja n. sp. 172 <NA> 2
## 50 Tilia n. sp. 1696 <NA> 34
## 51 Toona n. sp. 2 <NA> 2
## 52 Trachycarpus n. sp. 7 <NA> 1
## 53 Ulmus n. sp. 522 <NA> 958