Fonctions primitives et structures de données de base.

Exemples : fonction sum et données de type matrix:

pryr::otype(sum)

## [1] "base"

pryr::otype(matrix(1))

## [1] "base"

Langage orienté objet.

Classes déclaratives.

MonPrenom <- "Eric"
class(MonPrenom) <- "Prenom"

Les méthodes S3 sont liées aux fonctions, pas aux objets.

# Affichage par défaut
MonPrenom

## [1] "Eric"
## attr(,"class")
## [1] "Prenom"

print.Prenom <- function(x) cat("Le prénom est", x)
# Affichage modifié
MonPrenom

## [1] "Eric"
## attr(,"class")
## [1] "Prenom"

print est une méthode générique (“un générique”) déclaré dans base.

help(print)
pryr::otype(print)

Son code se résume à une déclaration UseMethod("print"):

print

## function (x, ...) 
## UseMethod("print")
## <bytecode: 0x7fb4258e1e20>
## <environment: namespace:base>

Il existe beaucoup de méthodes S3 pour print:

head(methods("print"))

## [1] "print.acf"         "print.AES"        
## [3] "print.all_vars"    "print.anova"      
## [5] "print.ansi_string" "print.ansi_style"

Chacune s’applique à une classe. print.default est utilisée en dernier ressort et s’appuie sur le type (R de base), pas la classe (S3).

typeof(MonPrenom)

## [1] "character"

pryr::otype(MonPrenom)

## [1] "S3"

Un objet peut appartenir à plusieurs classes.

class(MonPrenom) <- c("PrenomFrancais", "Prenom")
inherits(MonPrenom, what = "PrenomFrancais")

## [1] TRUE

inherits(MonPrenom, what = "Prenom")

## [1] TRUE

Le générique cherche une méthode pour chaque classe, dans l’ordre.

print.PrenomFrancais <- function(x) cat("Prénom français:",
    x)
MonPrenom

## [1] "Eric"
## attr(,"class")
## [1] "PrenomFrancais" "Prenom"

S3 est le langage courant de R.

Presque tous les packages sont écrits en S3.

Les génériques sont partout mais passent inaperçu:

library("entropart")
.S3methods(class = "SpeciesDistribution")

## [1] autoplot plot    
## see '?methods' for accessing help and source code

# help(InternalMethods)

S4 structure les classes :

• slots pour les données ;

• constructeur explicite.

setClass("Personne", slots = list(Nom = "character",
    Prenom = "character"))
Moi <- new("Personne", Nom = "Marcon", Prenom = "Eric")
pryr::otype(Moi)

## [1] "S4"

Les méthodes appartiennent toujours aux fonctions:

setMethod("print", signature = "Personne", function(x,
    ...) {
    cat("La personne est:", x@Prenom, x@Nom)
})
print(Moi)

## La personne est: Eric Marcon

S4 est plus rigoureux que S3.

Quelques packages sur CRAN : Matrix, sp, odbc,… et beaucoup sur Bioconductor.

RC a été introduit dans R 2.12 (2010) avec le package methods.

Les méthodes appartiennent aux classes, comme en C++.

library("methods")
PersonneRC <- setRefClass("PersonneRC", 
    fields = list(Nom = "character", Prenom = "character"),
    methods = list(print = function() cat(Prenom, Nom)))
MoiRC <- new("PersonneRC", Nom = "Marcon", Prenom ="Eric")
pryr::otype(MoiRC)

## [1] "RC"

MoiRC$print()

## Eric Marcon

R6 perfectionne RC mais n’est pas inclus dans R.

Les attributs et les méthodes peuvent être publics ou privés.

Une méthode initialize() est utilisée comme constructeur.

library(R6)
PersonneR6 <- R6Class("PersonneR6", public = list(Nom = "character",
    Prenom = "character", initialize = function(Nom = NA,
        Prenom = NA) {
        self$Nom <- Nom
        self$Prenom <- Prenom
    }, print = function() cat(self$Prenom, self$Nom)))
MoiR6 <- PersonneR6$new(Nom = "Marcon", Prenom = "Eric")
MoiR6$print()

## Eric Marcon

Très peu utilisés, plutôt considérés comme des exercices de style.

S6 permet de programmer rigoureusement en objet.

Les performances sont inférieures à celles de S3.

Pas d’obligation mais cohérence à assurer.

Nommage des objets :

• CamelCase : les mots sont compactés, les majuscules assurent la lisibilité ;

• tiret_bas : les espaces sont remplacés par des _, pas de majuscule.

Les points sont interdits : séparateurs des génériques. Hélas : data.frame, t.test().

Utiliser des noms clairs, pas de valeur=12 ou TarbrInv.

Utiliser impérativement <- et réserver = aux arguments de fonctions.

a <- b <- 12
a

## [1] 12

b

## [1] 12

(a <- runif(1)) * (rnorm(1) -> b)

## [1] -0.0374763

Entourer <- par des espaces pour éviter la confusion avec -.

Respecter l’espacement standard du code autant que possible. knitr avec l’option tidy=TRUE met en forme automatiquement le code des documents RMarkdown.

Aller à la ligne entre les commandes, éviter ;.

Les accolades commencent sur la ligne de la commande, se terminent sur une ligne seule.

Indenter avec deux espaces. Tabulations interdites.

if (a > b) {
    print("Plus grand")
} else {
    print("Plus petit")
}

## [1] "Plus grand"

Dans le code, commenter toute ligne non évidente (de l’ordre de 2 sur 3). Commenter le pourquoi, pas le comment sauf extraordinaire.

Le commentaire précède la ligne de code ou va en fin de ligne.

# Calcul de la surface
if (is.null(Largeur)) {
    # Longueur seulement: carré
    Longueur^2
} else {
    # Vrai rectangle. Formule de xxx(1920).
    Longueur * Largeur
}

Bien choisir la langue des commentaires. Accents interdits dans les packages.

Commentaires de blocs par :

# Première partie ####
x <- 1
# Deuxième partie ####
y <- 2

Ces blocs sont repliables dans RStudio (menu Edit / Folding).

Les fonctions du package base sont toujours disponibles. Les autres non.

Les packages chargés par défaut peuvent être déchargés: utils, graphics, stats

Bonne pratique :

• usage interactif : taper le nom de la fonction seulement : fonction()

• code à conserver : préciser le package (une fonction peut être masquée par un autre package) : package::fonction().

Principes :

• library("package") charge loadNamespace() et attache attachNamespace() un package

• le package exporte des fonctions : package::fonction()

• les fonctions sont accessibles par leur nom fonction()

• si nouveaupackage exporte nouveaupackage::fonction(), la nouvelle fonction masque l’ancienne.

Référence

R démarre dans l’environnement vide.

Chaque package chargé crée un environnement fils.

La console se trouve dans l’environnement global, fils du dernier package chargé.

search()

##  [1] ".GlobalEnv"         "package:R6"        
##  [3] "package:entropart"  "package:devEMF"    
##  [5] "package:forcats"    "package:stringr"   
##  [7] "package:dplyr"      "package:purrr"     
##  [9] "package:readr"      "package:tidyr"     
## [11] "package:tibble"     "package:ggplot2"   
## [13] "package:tidyverse"  "package:kableExtra"
## [15] "package:stats"      "package:graphics"  
## [17] "package:grDevices"  "package:utils"     
## [19] "package:datasets"   "package:methods"   
## [21] "Autoloads"          "package:base"

Le code d’une fonction appelée de la console s’excute dans un environnement fils de .GlobalEnv

environment()

## <environment: 0x7fb42d8ed318>

f <- function() environment()
f()

## <environment: 0x7fb42dbb20a8>

parent.env(f())

## <environment: 0x7fb42d8ed318>

La recherche part de l’environnement global (ou de celui d’une fonction appelée) et descend la colonne de droite.

Les packages doivent être attachés pour y être.

Un package chargé est dans la colonne centrale: son espace de noms est accessible mais ses objets ne sont pas inclus dans la recherche.

pryr peut être chargé sans être attaché :

unloadNamespace("pryr")
isNamespaceLoaded("pryr")

## [1] FALSE

loadNamespace("pryr")

## <environment: namespace:pryr>

search()

##  [1] ".GlobalEnv"         "package:R6"        
##  [3] "package:entropart"  "package:devEMF"    
##  [5] "package:forcats"    "package:stringr"   
##  [7] "package:dplyr"      "package:purrr"     
##  [9] "package:readr"      "package:tidyr"     
## [11] "package:tibble"     "package:ggplot2"   
## [13] "package:tidyverse"  "package:kableExtra"
## [15] "package:stats"      "package:graphics"  
## [17] "package:grDevices"  "package:utils"     
## [19] "package:datasets"   "package:methods"   
## [21] "Autoloads"          "package:base"

isNamespaceLoaded("pryr")

## [1] TRUE

La fonction otype() ne peut pas être trouvée mais elle peut être utilisée :

tryCatch(otype(1), error = function(e) print(e))

## <simpleError in otype(1): could not find function "otype">

pryr::otype(1)

## [1] "base"

loadNamespace() n’est jamais utilisé :

• Appeler package::fonction() charge le package,

• Attacher un package le charge.

Les objets non exportés par un package sont accessible dans son espace de nom avec trois :

package:::fonction()

Les autres aussi, mais c’est inutile :

stats:::sd(rnorm(100))

## [1] 0.9734397

Les méthodes S3 ne sont normalement pas exportées, seul le générique l’est.

names(formals(plot))

## [1] "x"   "y"   "..."

tryCatch(names(formals(entropart::plot.SpeciesDistribution)),
    error = function(e) print(e))

## <simpleError: 'plot.SpeciesDistribution' is not an exported object from 'namespace:entropart'>

names(formals(entropart:::plot.SpeciesDistribution))

## [1] "x"            "..."          "Distribution"
## [4] "type"         "log"          "main"        
## [7] "xlab"         "ylab"

Les packages s’appuient sur d’autres packages.

Ils peuvent les importer : ggplot2 importe plyr.

Ou en dépendre : ggplot2 dépend de reshape.

Un package qui exporte une méthode S3 dépend forcément du package contenant le générique.

Type de données = “mode”.

Réel

typeof(1.1)

## [1] "double"

Entier : forcer le type en précisant L

typeof(1L)

## [1] "integer"

Logique

typeof(TRUE)

## [1] "logical"

Complexe

# help(complex)
typeof(sqrt(-1 + (0+0i)))

## [1] "complex"

Caractère

typeof("Bonjour")

## [1] "character"

Brut

# help(raw)
typeof(raw(1))

## [1] "raw"

is.character("Bonjour")

## [1] TRUE

is.double(1.2)

## [1] TRUE

is.logical(1 > 0)

## [1] TRUE

Attention à is.integer() :

is.integer(1)

## [1] FALSE

typeof(1)

## [1] "double"

is.numeric() est vrai pour les réels et les entiers.

5 structures de données :

is.atomic() teste la structure d’une variable.

(MonVecteur <- 1:3)

## [1] 1 2 3

Tous les éléments sont du même type :

c(1, TRUE, "a")

## [1] "1"    "TRUE" "a"

(MaMatrice <- matrix(1:6, nrow = 2))

##      [,1] [,2] [,3]
## [1,]    1    3    5
## [2,]    2    4    6

La multiplication matricielle est très performante

MaMatrice %*% matrix(1:3, ncol = 1)

##      [,1]
## [1,]   22
## [2,]   28

(MonTableau <- array(1:12, dim = c(2, 3, 2)))

## , , 1
## 
##      [,1] [,2] [,3]
## [1,]    1    3    5
## [2,]    2    4    6
## 
## , , 2
## 
##      [,1] [,2] [,3]
## [1,]    7    9   11
## [2,]    8   10   12

(MaListe <- list(Premier = 1:2, Deuxieme = "a"))

## $Premier
## [1] 1 2
## 
## $Deuxieme
## [1] "a"

identical(MaListe[[2]], MaListe$Deuxieme)

## [1] TRUE

Les types de données sont uniques par colonne.

(Mondf <- data.frame(Article = c("Pommes", "Poires"),
    Prix = c(2, 3)))

##   Article Prix
## 1  Pommes    2
## 2  Poires    3

identical(Mondf[, 1], Mondf$Article)

## [1] TRUE

Elements fondamentaux du langage.

Toute opération repose sur des fonctions y compris + :

(`+`)

## function (e1, e2)  .Primitive("+")

Les fonctions primitives sont écrites en C : ce sont les plus rapides.

Les fonctions internes aussi, mais doivent être appelées par un mécanisme spécial, moins efficace :

cbind

## function (..., deparse.level = 1) 
## .Internal(cbind(deparse.level, ...))
## <bytecode: 0x7fb428153878>
## <environment: namespace:base>

Référence

La majorité des fonctions est écrite en R.

Leur type est closure par opposition à primitive.

apply

## function (X, MARGIN, FUN, ..., simplify = TRUE) 
## {
##     FUN <- match.fun(FUN)
##     simplify <- isTRUE(simplify)
##     dl <- length(dim(X))
##     if (!dl) 
##         stop("dim(X) must have a positive length")
##     if (is.object(X)) 
##         X <- if (dl == 2L) 
##             as.matrix(X)
##         else as.array(X)
##     d <- dim(X)
##     dn <- dimnames(X)
##     ds <- seq_len(dl)
##     if (is.character(MARGIN)) {
##         if (is.null(dnn <- names(dn))) 
##             stop("'X' must have named dimnames")
##         MARGIN <- match(MARGIN, dnn)
##         if (anyNA(MARGIN)) 
##             stop("not all elements of 'MARGIN' are names of dimensions")
##     }
##     d.call <- d[-MARGIN]
##     d.ans <- d[MARGIN]
##     if (anyNA(d.call) || anyNA(d.ans)) 
##         stop("'MARGIN' does not match dim(X)")
##     s.call <- ds[-MARGIN]
##     s.ans <- ds[MARGIN]
##     dn.call <- dn[-MARGIN]
##     dn.ans <- dn[MARGIN]
##     d2 <- prod(d.ans)
##     if (d2 == 0L) {
##         newX <- array(vector(typeof(X), 1L), dim = c(prod(d.call), 
##             1L))
##         ans <- forceAndCall(1, FUN, if (length(d.call) < 2L) newX[, 
##             1] else array(newX[, 1L], d.call, dn.call), ...)
##         return(if (is.null(ans)) ans else if (length(d.ans) < 
##             2L) ans[1L][-1L] else array(ans, d.ans, dn.ans))
##     }
##     newX <- aperm(X, c(s.call, s.ans))
##     dim(newX) <- c(prod(d.call), d2)
##     ans <- vector("list", d2)
##     if (length(d.call) < 2L) {
##         if (length(dn.call)) 
##             dimnames(newX) <- c(dn.call, list(NULL))
##         for (i in 1L:d2) {
##             tmp <- forceAndCall(1, FUN, newX[, i], ...)
##             if (!is.null(tmp)) 
##                 ans[[i]] <- tmp
##         }
##     }
##     else for (i in 1L:d2) {
##         tmp <- forceAndCall(1, FUN, array(newX[, i], d.call, 
##             dn.call), ...)
##         if (!is.null(tmp)) 
##             ans[[i]] <- tmp
##     }
##     ans.list <- !simplify || is.recursive(ans[[1L]])
##     l.ans <- length(ans[[1L]])
##     ans.names <- names(ans[[1L]])
##     if (!ans.list) 
##         ans.list <- any(lengths(ans) != l.ans)
##     if (!ans.list && length(ans.names)) {
##         all.same <- vapply(ans, function(x) identical(names(x), 
##             ans.names), NA)
##         if (!all(all.same)) 
##             ans.names <- NULL
##     }
##     len.a <- if (ans.list) 
##         d2
##     else length(ans <- unlist(ans, recursive = FALSE))
##     if (length(MARGIN) == 1L && len.a == d2) {
##         names(ans) <- if (length(dn.ans[[1L]])) 
##             dn.ans[[1L]]
##         ans
##     }
##     else if (len.a == d2) 
##         array(ans, d.ans, dn.ans)
##     else if (len.a && len.a%%d2 == 0L) {
##         if (is.null(dn.ans)) 
##             dn.ans <- vector(mode = "list", length(d.ans))
##         dn1 <- list(ans.names)
##         if (length(dn.call) && !is.null(n1 <- names(dn <- dn.call[1])) && 
##             nzchar(n1) && length(ans.names) == length(dn[[1]])) 
##             names(dn1) <- n1
##         dn.ans <- c(dn1, dn.ans)
##         array(ans, c(len.a%/%d2, d.ans), if (!is.null(names(dn.ans)) || 
##             !all(vapply(dn.ans, is.null, NA))) 
##             dn.ans)
##     }
##     else ans
## }
## <bytecode: 0x7fb428924a28>
## <environment: namespace:base>

Arguments : passés à la fonction.

args(apply)

## function (X, MARGIN, FUN, ..., simplify = TRUE) 
## NULL

Corps : le code de la fonction

deparse(body(apply))[1:3]

## [1] "{"                               
## [2] "    FUN <- match.fun(FUN)"       
## [3] "    simplify <- isTRUE(simplify)"

Environnement : l’ensemble des objets déclarés et un pointeur vers l’environnement parent.

environment(apply)

## <environment: namespace:base>

ls(environment(apply))[1:2]

## [1] "-"      "-.Date"

parent.env(environment(apply))

## <environment: R_GlobalEnv>

Une fonction est exécutée dans son propre environnement :

environment()

## <environment: 0x7fb42d8ed318>

f <- function() environment()
f()

## <environment: 0x7fb42925b890>

Son environnement parent est celui du code qui l’a appelé :

parent.env(f())

## <environment: 0x7fb42d8ed318>

Code R standard.

Surface <- function(Longueur, Largeur) {
    return(Longueur * Largeur)
}
Surface(Longueur = 2, Largeur = 3)

## [1] 6

Retourne un résultat avec return() ou la dernière valeur calculée.

Volume <- function(Longueur, Largeur) {
    return(Longueur * Largeur * Hauteur)
}
Longueur <- 5
Hauteur <- 10
Volume(Longueur = 2, Largeur = 3)

## [1] 60

Variables locales (définies dans l’environnement de la fonction) : Longueur et Largeur.

Variables manquantes recherchées dans les environnnements parents : Hauteur.

Evaluation tardive (lazy) de Hauteur.

Nommés. Appel par leur nom ou dans leur ordre :

c(Surface(Largeur = 3, Longueur = 2), Surface(Longueur = 2,
    Largeur = 3))

## [1] 6 6

c(Surface(Longueur = 2, 3), Surface(2, 3))

## [1] 6 6

Et même (mais illisible) :

Surface(3, Longueur = 2)

## [1] 6

Donner des noms explicites aux arguments. Le premier s’appelle souvent x dans les génériques.

Donner autant que possible des valeurs par défaut aux arguments.

Surface <- function(Longueur, Largeur = Longueur) {
    return(Longueur * Largeur)
}
Surface(Longueur = 2)

## [1] 4

Nommer tous les arguments à partir du deuxième lors de l’appel :

x <- runif(10, min = 5, max = 10)
mean(x, na.rm = FALSE)

## [1] 7.98672

Ne jamais abréger les noms des arguments ou T pour TRUE.

Les génériques prévoient tous des arguments libres avec ... :

names(formals(plot))

## [1] "x"   "y"   "..."

Les méthodes ont la même signature que les génériques :

names(formals(entropart:::plot.SpeciesDistribution))

## [1] "x"            "..."          "Distribution"
## [4] "type"         "log"          "main"        
## [7] "xlab"         "ylab"

La méthode plot pour la classe SpeciesDistribution accepte tous arguments à la place de ... et les utilise dans une de ses lignes de code :

deparse(entropart:::plot.SpeciesDistribution)[15:16]

## [1] "    graphics::plot(Ns, type = type, log = log, main = main, xlab = xlab, "
## [2] "        ylab = ylab, axes = FALSE, ...)"

Tous les arguments non reconnus par plot.SpeciesDistribution sont passés à plot().

Les ... ne sont pas réservés aux génériques :

f <- function(x) x
g <- function(y, ...) f(...)
g("Rien", x = "Argument x passé à f par g")

## [1] "Argument x passé à f par g"

Mais il faut que tout argument soit reconnu par une fonction :

tryCatch(g("Rien", z = 2), error = function(e) print(e))

## <simpleError in f(...): unused argument (z = 2)>

Les opérateurs de R sont en fait des fonctions:

identical(2 + 2, `+`(2, 2))

## [1] TRUE

Les opérateurs définis par l’utilisateur sont obligatoirement entre % :

`%+%` <- function(a, b) paste(a, b)
"Nouvelle" %+% "chaîne"

## [1] "Nouvelle chaîne"

Référence

La plupart des fonctions de R sont vectorielles :

x1 <- runif(3)
x2 <- runif(3)
sqrt(x1)

## [1] 0.9474360 0.4972275 0.7683883

x1 + x2

## [1] 1.783015 1.201093 1.069724

Raisonner en termes de vecteurs plutôt que de scalaires.

Ecrire des fonctions vectorielles sur leur premier argument :

entropart::lnq

## function (x, q) 
## {
##     if (q == 1) {
##         return(log(x))
##     }
##     else {
##         Log <- (x^(1 - q) - 1)/(1 - q)
##         Log[x < 0] <- NA
##         return(Log)
##     }
## }
## <bytecode: 0x7fb42f106278>
## <environment: namespace:entropart>

Exceptions à la règle : fonctions d’un vecteur, résultat scalaire.

sum(x1)

## [1] 1.735291

sapply() applique une fonction à chaque élément d’un vecteur ou d’une liste.

x1 <- runif(1000)
identical(sqrt(x1), sapply(x1, FUN = sqrt))

## [1] TRUE

Fonctions similaires :

library("microbenchmark")
mb <- microbenchmark(sqrt(x1), sapply(x1, FUN = sqrt),
    lapply(x1, sqrt), vapply(x1, sqrt, FUN.VALUE = 0))
summary(mb)[, c("expr", "median")]

##                              expr   median
## 1                        sqrt(x1)   5.2630
## 2          sapply(x1, FUN = sqrt) 349.7155
## 3                lapply(x1, sqrt) 295.9830
## 4 vapply(x1, sqrt, FUN.VALUE = 0) 310.3795

Infiniment plus lent qu’une fonction vectorielle.

• lapply() renvoie une liste (économise le temps de simplify2array()) ;
• vapply() économise le temps de détermination du type du vecteur.

Les boucles sont plus rapides !

Boucle <- function(x) {
    Racine <- vector("numeric", length = length(x))
    for (i in 1:length(x)) Racine[i] <- sqrt(x[i])
    return(Racine)
}
Vapply <- function(x) vapply(x, FUN = sqrt, 0)
mb <- microbenchmark(Vapply(x1), Boucle(x1))
summary(mb)[, c("expr", "median")]

##         expr   median
## 1 Vapply(x1) 302.1195
## 2 Boucle(x1) 143.2455

Les boucles longues permettent un suivi :

Boucle <- function(x) {
    pgb <- txtProgressBar(min = 0, max = length(x))
    Racine <- vector("numeric", length = length(x))
    for (i in 1:length(x)) {
        Racine[i] <- sqrt(x[i])
        setTxtProgressBar(pgb, i)
    }
    return(Racine)
}
RacineX <- Boucle(x1)

## ==================================================

replicate() répète une instruction.

replicate(3, runif(1))

## [1] 0.9687692 0.2892228 0.2307221

est équivalent à runif(3).

vectorize() rend vectorielle une fonction qui ne l’est pas par des boucles. Ecrire plutôt les boucles.

Données : inventaire d’une parcelle de Paracou, 4 carrés distincts.

Objectif : calculer le nombre d’arbres par espèce, le nombre d’arbres par carré, la biodiversité par carré.

Technique : utiliser les fonctions vectorielles, les fonctions de type apply, éventuellement des boucles.

Lecture des arbres de la parcelle 6 de Paracou

# Lecture des arbres de la parcelle 6 de Paracou
Paracou6 <- read.csv2("data/Paracou6.csv")

Création d’un tableau croisé :

Paracou6X <- as.data.frame.matrix(xtabs(~paste(Family,
    Genus, Species) + SubPlot, data = Paracou6))
Paracou6X[1:2, ]

##                                     1 2 3 4
## Anacardiaceae Anacardium spruceanum 0 1 0 2
## Anacardiaceae Tapirira guianensis   1 2 0 0

as.data.frame.matrix est la méthode de conversion des matrices en dataframes…

apply() applique une fonction aux lignes ou colonnes d’un objet 2D.

colSums() et semblables (colMeans(), rowMeans()) sont optimisées.

mb <- microbenchmark(apply(Paracou6X, 2, sum), colSums(Paracou6X))
summary(mb)[, c("expr", "median")]

##                       expr  median
## 1 apply(Paracou6X, 2, sum) 140.778
## 2       colSums(Paracou6X)  79.158

colSums(Paracou6X)

##   1   2   3   4 
## 942 872 929 798

apply() ou préparation des données

mb <- microbenchmark(apply(Paracou6X, 2, function(x) x >
    0), colSums(Paracou6X > 0))
summary(mb)[, c("expr", "median")]

##                                     expr   median
## 1 apply(Paracou6X, 2, function(x) x > 0) 213.2625
## 2                 colSums(Paracou6X > 0) 100.4080

colSums(Paracou6X > 0)

##   1   2   3   4 
## 189 200 197 177

Estimation de la richesse spécifique avec entropart

library("entropart")
apply(Paracou6X, 2, Richness)

##   1   2   3   4 
## 355 348 315 296

Comparaison avec une boucle

Boucle <- function(Cmnt) {
    Richesse <- vector("numeric", length = ncol(Cmnt))
    for (i in 1:ncol(Cmnt)) Richesse[i] <- Richness(Cmnt[,
        i])
    return(Richesse)
}
Apply <- function(Cmnt) apply(Cmnt, 2, Richness)
mb <- microbenchmark(Boucle(Paracou6X), Apply(Paracou6X))
summary(mb)[, c("expr", "median")]

##                expr   median
## 1 Boucle(Paracou6X) 5.500392
## 2  Apply(Paracou6X) 5.629653

apply() clarifie (vectorise) le traitement mais ne l’accélère pas.