git est un gestionaire de sources :

• Suivi des modifications : bien plus qu’une sauvegarde !
• Possibilité de revenir en arrière ;
• Plusieurs versions concurrentes : branches.

GitHub est une plateforme pour la collaboration basée sur Git.

• Possibilité de développer à plusieurs : la fin des pièces jointes !
• Présentation des résultats : pages GitHub ;
• Intégration continue: GitHub Actions.

RStudio doit détecter Git

Sinon, l’installer.

Ouvrir un compte sur GitHub

Créer un jeton GitHub:

• Paramètres du compte utilisateur ;
• Developer Settings > Personal Access Tokens ;
• Générer un jeton, le décrire en tant que “git-RStudio” et lui donner l’autorisation “repo”.

Sauvegarder le jeton !

A partir de rien :

• Dans GitHub :

  • New Repository
  • Choisir le nom (pas de caractères spéciaux)
  • Ajouter un .gitgnore approprié.

• Copier l’URL à partir de Clone or Download

• Dans RStudio : nouveau projet à partir de Git, coller l’URL.

A partir d’un projet RStudio existant :

• Passer le projet sous contrôle de version :

  • Tools /Version Control /Project Setup…

  • Sélectionner Git.

• Créer un dépôt sur GitHub, récupérer son URL : https://github.com/MonCompte/MonDepot.git

• Dans le Terminal de RStudio, exécuter :

git remote add origin https://github.com/MonCompte/MonDepot.git
git push -u origin master

Les fichiers modifiés sont dans la fenêtre Git de RStudio.

Utiliser .gitignore pour masquer les fichiers non suivis.

• Créer un fichier R avec une ligne de code et l’enregistrer.

Après chaque séance de travail, livrer le résultat (Commit)

Sélectionner les fichiers à livrer.

Saisir un message clair : résumé sur la première ligne.

Pousser (Push) ses modifications vers GitHub pour les rendre publiques.

Tirer (Pull) pour résupérer les modifications sur GitHub.

Déclarer un collaborateur.

Travailler à deux ou plus sur le même fichier.

Contenu d’une séance de travail :

• Tirer ;

• Modifier ;

• Livrer ;

• Pousser.

L’information élémentaire est la ligne.

Modifications contradictoires = conflit.

Minimiser les conflits : dans un texte, une phrase = une ligne.

En cas de conflit, trancher.

Icône en forme d’horloge dans la fenêtre Git

Ajouter un fichier README.md

Prendre en compte, valider et pousser.

Editer la même ligne de README.md :

• en ligne sur GitHub ;
• localement.

Tirer, constater le conflit, le résoudre.

Le voisin de gauche invite celui de droite sur GitHub.

Les deux modifient le projet.

• Bien penser à tirer avant de modifier.
• Pousser rapidement pour limiter les conflits.

Modifier le projet sans perturber son état stable.

Application :

• développer une nouvelle fonctionnalité ;
• la tester, corriger les bugs ;
• la rendre visible quand elle est terminée.

Cliquer sur New Branch

Travailler dans la nouvelle branche (pull, commit, push).

Se placer dans la branche master.

Exécuter:

git merge branche_a_fusionner

Objectif : modifier le dépôt d’un autre

Fourcher: création d’une copie du dépôt

Commencer une nouvelle branche, la modifier.

Demande d’intégration de la branche: Pull Request.

Sur GitHub.

Dialogue possible.

Si acceptation, fusion de la branche et suppression.