Dossier personnel, appelé ~ par RStudio :

Sys.getenv("R_USER")

## [1] ""

• Mes Documents sous Windows ;
• Home sous Mac ou Linux.

Travailler dans un sous-dossier, par exemple : Formation.

Pas d’espace ni caractère spécial dans les noms de dossier.

S’assurer que le dossier est sauvegardé.

Créer un dossier autorisé en écriture mais non sauvegardé.

Sous Windows:

md %LOCALAPPDATA%\ProjetsR

Travailler dans des sous-dossiers, par exemple : Formation.

Pas d’espace ni caractère spécial dans les noms de dossier.

Stockage des packages dans la librairie système si R peut y écrire.

Utile si ~ est sauvegardé.

Incontournable.

Intègre la majorité des outils utiles.

Mettre à jour à chaque changement de version R.

RStudio Server est strictement équivalent.

Organiser le travail en projets :

• un dossier dans ~ (ou un sous-dossier de ~) ou ProjetsR ;
• un fichier .Rproj dans le dossier.

Création par le menu New Project.

Pas de caractères spéciaux, pas d’espace dans le nom.

La fenêtre Environnement liste les variables et fonctions.

• Sauvegarde dans un fichier RData / Ouverture d’un RData ;
• Sauvegarde automatique en fin de session.

La fenêtre History liste l’historique des commandes :

• Sauvegarde, idem ;
• Envoi à la console ou au fichier source.

Utiliser un fichier Packages.R.

# Install necessary packages only
InstallPackages <- function(Packages) {
    sapply(Packages, function(Package) if (!Package %in%
        installed.packages()[, 1])
        install.packages(Package))
}
# Markdown
InstallPackages(c("base64enc", "knitr", "rmarkdown",
    "bookdown"))
# Other packages
InstallPackages(c("RODBC", "devtools"))
# EcoFoG
devtools::install_github("EcoFoG/EcoFoG")

Mis en pratique à la fin de la séquence.

R utilise des packages et appelle des programmes externes pour la création de documents et de packages.

Instructions pour les installations dans Travailler avec R, chapitre 1.

• devtools : utilitaires pour le développement ;
• knitr, rmarkdown, bookdown: rédaction avec RMarkdown.

Utiliser Packages.R pour une réinstallation rapide.

Production de fichiers PDF :

• Présentations Beamer ;
• Articles et ouvrages PDF.

Installer MikTex sous Windows, MacTex sous Mac, TexLive sous Linux.

Compléter par TeXstudio pour débugger les compilations difficiles et Jabref pour gérer les fichiers bib.

Installer le package tinytex.

Exécuter

tinytex::install_tinytex()

Installe une distribution très compacte de LaTeX.

Utiliser un gestionnaire bibliographique capable de produire un fichier bib : Mendeley ou Zotero.

Jabref permet de gérer totalement sa bibliographie au format BibTeX.

Sous Windows, compléter R par Rtools : outils pour R.

Installations souhaitables :

• qpdf : vérification de la compression des fichiers PDF ;
• Ghostscript : traitement des fichiers PDF.

A compléter en temps utiles.

Git est un outil de gestion de sources.

Le moteur de Git doit être installé.

RStudio intègre une interface pour Git.

Ouvrir un compte sur GitHub pour collaborer.

Installer R et RStudio.

Installer git.

Ouvrir un compte sur GitHub.

Valider l’invitation envoyée pour la classe Cours-R.

Lier son nom d’invité et son compte GitHub.

Accepter l’assignation Cours-R-Introduction.

Contient des ressources.

Récupérer le fichier Packages.R et le placer dans ~