git est un gestionaire de sources :

• Suivi des modifications : bien plus qu’une sauvegarde !

• Possibilité de revenir en arrière ;

• Plusieurs versions concurrentes : branches.

GitHub est une plateforme pour la collaboration basée sur Git.

• Possibilité de développer à plusieurs : la fin des pièces jointes !

• Présentation des résultats : pages GitHub ;

• Intégration continue: GitHub Actions.

RStudio doit détecter Git

Sinon, l’installer.

Les fichiers modifiés sont dans la fenêtre Git de RStudio.

Utiliser .gitignore pour masquer les fichiers non suivis.

• Créer un fichier R avec une ligne de code et l’enregistrer.

Après chaque séance de travail, livrer le résultat (Commit)

Sélectionner les fichiers à livrer.

Saisir un message clair : résumé sur la première ligne.

Icône en forme d’horloge dans la fenêtre Git

Ouvrir un compte sur GitHub

Créer un jeton d’accès personnel :

• Paramètres du compte utilisateur ;
• Developer Settings > Personal Access Tokens > Tokens (classic) ;
• Générer un jeton, le décrire en tant que “git-RStudio” et lui donner l’autorisation “repo”.

Sauvegarder le jeton ! Il sera demandé à la première tentative de pousser des modifications sur GitHub.

La branche principale s’appelle historiquement master mais récemment main par défaut.

Choisir :

• Paramètres du compte utilisateur ;
• Repositories : Repository default branch ;

La branche s’appelle “master” dans toute cette présentation.

Dans le terminal de RStudio:

git config --global init.defaultBranch master

A partir de rien :

• Dans GitHub :

  • New Repository
  • Choisir le nom (pas de caractères spéciaux)
  • Ne rien ajouter : le projet doit être vide.

• Copier l’URL à partir de Clone or Download

• Dans RStudio : nouveau projet à partir de Git, coller l’URL.

A partir d’un projet RStudio existant :

• Passer le projet sous contrôle de version :
  • Tools /Version Control /Project Setup…
  • Sélectionner Git.
• Créer un dépôt sur GitHub, récupérer son URL : https://github.com/MonCompte/MonDepot.git
• Dans le Terminal de RStudio, exécuter :

git remote add origin https://github.com/MonCompte/MonDepot.git
git branch -M master
git push -u origin master

A chaque nouvelle séance de travail :

• Tirer (Pull) pour récupérer les modifications sur GitHub.

Pendant la séance de travail, après chaque tâche élementaire :

• Livrer (Commit) les modifications.

A la fin de chaque nouvelle séance de travail :

• Pousser (Push) ses modifications vers GitHub pour les rendre publiques.

Déclarer un collaborateur.

Travailler à deux ou plus sur le même fichier.

Contenu d’une séance de travail :

• Tirer ;
• Modifier ;
• Livrer ;
• Pousser.

L’information élémentaire est la ligne.

Modifications contradictoires = conflit.

Minimiser les conflits : dans un texte, une phrase = une ligne.

En cas de conflit, trancher.

Ajouter un fichier README.md

Prendre en compte, valider et pousser.

Editer la même ligne de README.md :

• en ligne sur GitHub ;
• localement.

Tirer, constater le conflit, le résoudre.

Le voisin de gauche invite celui de droite sur GitHub.

Les deux modifient le projet.

• Bien penser à tirer avant de modifier.
• Pousser rapidement pour limiter les conflits.

Modifier le projet sans perturber son état stable.

Application :

• développer une nouvelle fonctionnalité ;

• la tester, corriger les bugs ;

• la rendre visible quand elle est terminée.

Cliquer sur New Branch

Travailler dans la nouvelle branche (pull, commit, push).

Se placer dans la branche master.

Exécuter:

git merge branche_a_fusionner

Objectif : modifier le dépôt d’un autre

Fourcher: création d’une copie du dépôt

Commencer une nouvelle branche, la modifier.

Demande d’intégration de la branche: Pull Request.

Sur GitHub.

Dialogue possible.

Si acceptation, fusion de la branche et suppression.