23 février 2024
Données
Les variables
Créer un script R. Ecrire en haut à gauche.
# Affectation a <- 1 # ou encore 1 -> a # mais éviter a = 1
Exécuter (Ctrl+Entrée) : voir en bas à gauche. Environnement en haut à droite.
R manipule des vecteurs
Plutôt que des nombres :
x <- 1:5 2 * x
## [1] 2 4 6 8 10
sqrt(x)
## [1] 1.000000 1.414214 1.732051 2.000000 2.236068
Introduction à R et au tidyverse, Prise en main
Créer des vecteurs (1)
Des valeurs :
(x <- 1)
## [1] 1
(x <- c("pommes", "poires"))
## [1] "pommes" "poires"
(x <- c(TRUE, FALSE))
## [1] TRUE FALSE
Créer des vecteurs (2)
Une séquence :
(x <- 1:5)
## [1] 1 2 3 4 5
(x <- seq(from = 1, to = 5, by = 1))
## [1] 1 2 3 4 5
Créer des vecteurs (3)
Une répétition :
(x <- rep(1, 5))
## [1] 1 1 1 1 1
(x <- rep(1:2, each = 2))
## [1] 1 1 2 2
Utiliser systématiquement l’aide
?rep
Sélectionner des éléments (1)
Utiliser les crochets :
x <- (1:10) * 10 x[3]
## [1] 30
x[-5]
## [1] 10 20 30 40 60 70 80 90 100
Utiliser des vecteurs pour sélectionner :
x[c(1, 3)]
## [1] 10 30
Tester des éléments
Tirer des nombres dans une séquence, trouver lesquels sont pairs.
x <- 1:100 # Échantillonnage (y <- sample(x, 5))
## [1] 91 16 67 14 18
(y %% 2 == 0)
## [1] FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE
Sélectionner des éléments (2)
Utiliser les crochets :
y[y %% 2 == 0]
## [1] 16 14 18
Les compter :
sum(y %% 2 == 0)
## [1] 3
Modes
Les vecteurs contiennent des données de même mode :
- numérique :
1:2,1L(L pour un entier) - imaginaire :
(1 + 1i) * (1 - 1i)égale 2 - logique :
TRUE - caractère :
"Bonjour" - vide :
NULL
Matrices
Les matrices ont deux dimensions et contiennent des données de même mode
(A <- matrix(1:9, nrow = 3))
## [,1] [,2] [,3] ## [1,] 1 4 7 ## [2,] 2 5 8 ## [3,] 3 6 9
Sélectionner dans une matrice
A[1, 2]
## [1] 4
A[, 3]
## [1] 7 8 9
Tableaux
Extension des matrices à plus de deux dimensions
A <- array(1:18, dim = c(3, 3, 2)) A
## , , 1 ## ## [,1] [,2] [,3] ## [1,] 1 4 7 ## [2,] 2 5 8 ## [3,] 3 6 9 ## ## , , 2 ## ## [,1] [,2] [,3] ## [1,] 10 13 16 ## [2,] 11 14 17 ## [3,] 12 15 18
Sélectionner dans un tableau
Comme dans une matrice :
A[, , 2]
## [,1] [,2] [,3] ## [1,] 10 13 16 ## [2,] 11 14 17 ## [3,] 12 15 18
Listes
Eléments disparates :
(L <- list(noms=c("X", "Y"), tailles = c(100, 120)))
## $noms ## [1] "X" "Y" ## ## $tailles ## [1] 100 120
Sélectionner dans une liste
Double crochet ou nom :
L[[2]]
## [1] 100 120
L$noms
## [1] "X" "Y"
Dataframe
Tableau dont chaque colonne est de mode unique :
(df <- data.frame(nom = c("X", "Y"), taille = c(100, 120)))
## nom taille ## 1 X 100 ## 2 Y 120
Sélectionner dans un dataframe (1)
Sélection comme dans une matrice…
df[2, ]
## nom taille ## 2 Y 120
… ou comme dans une liste
df$taille
## [1] 100 120
Sélectionner dans un dataframe (2)
Sélection de lignes en fonction de valeurs
df[df$taille == 100, ]
## nom taille ## 1 X 100
Fonctions
Définition
R est un langage fonctionnel.
y <- cos(pi)
Une fonction produit une valeur à partir d’arguments.
Effets de bord
Une fonction peut avoir des effets de bord :
x <- plot(y)
x
## NULL
plot n’est utilisé que pour ses effets de bord.
Arguments
Appeler une fonction en nommant tous ses arguments…
runif(n = 3, min = 0, max = 1)
## [1] 0.10293624 0.02248227 0.91641919
… ou en les passant dans l’ordre :
runif(3, 0, 1)
## [1] 0.9096517 0.1370688 0.3397247
Arguments nommés
Bonne pratique : nommer tous les arguments à partir du deuxième:
runif(3, min = 0, max = 1)
## [1] 0.1005619 0.4669571 0.4286474
Valeurs par défaut
Voir l’aide de la fonction : ?runif
min et max ont des valeurs par défaut : 0 et 1.
runif(3)
## [1] 0.53216272 0.09179518 0.02105684
Créer
Syntaxe:
puissance <- function(x, r = 1) {
return(x^r)
}
puissance(1:3, r = 2)
## [1] 1 4 9
Penser vecteur. r est recyclé.
puissance(1:3, r = 3:1)
## [1] 1 4 3
Fonctions opérateurs (infix functions)
Les opérateurs de R sont en fait des fonctions:
identical(2 + 2, `+`(2, 2))
## [1] TRUE
Les opérateurs définis par l’utilisateur sont obligatoirement entre % :
`%+%` <- function(a, b) paste(a, b) "Nouvelle" %+% "chaîne"
## [1] "Nouvelle chaîne"
Argument …
Les ... sont des arguments libres à passer à une autre fonction :
f <- function(x) x
g <- function(y, ...) f(...)
g("Rien", x = "Argument x passé à f par g")
## [1] "Argument x passé à f par g"
Mais il faut que tout argument soit reconnu par une fonction :
tryCatch(g("Rien", z = 2), error= function(e) print(e))
## <simpleError in f(...): unused argument (z = 2)>
Structures de contrôle
Si / Sinon
est_pair <- function(x) {
if (x %% 2 == 0) {
return(TRUE)
} else {
return(FALSE)
}
}
est_pair(3)
## [1] FALSE
Fonction non vectorielle. Utiliser plutôt :
((1:3) %% 2) == 0
## [1] FALSE TRUE FALSE
Boucles
for (i in 1:3) {
print(sqrt(i))
}
## [1] 1 ## [1] 1.414214 ## [1] 1.732051
Seulement si la fonction utilisée n’est pas vectorielle.
sqrt(1:3)
## [1] 1.000000 1.414214 1.732051
Graphiques de base
plot
Graphiques simples :
X <- 1:10 Y <- 2 * X + rnorm(length(X)) plot(x = X, y = Y) lines(x = X, y = Y, col = "green", lty = 2) abline(a = 0, b = 2, col = "red")
Classes (1)
Les objets appartiennent à des classes.
Ns <- rlnorm(100) class(Ns)
## [1] "numeric"
plot est une méthode, déclinée par classe.
plot(Ns) # plot.numeric()
Classes (2)
library("entropart")
Ns <- as.AbdVector(Ns)
class(Ns)
## [1] "AbdVector" "SpeciesDistribution" ## [3] "integer"
plot(Ns) # plot.SpeciesDistribution
