Continuité entre l'analyse de données et la production de figures.

Eviter les copier-coller : créer directement des fichiers pour contrôler les tailles relatives.

Si les données changent, les figures sont refaites par le script.

plot(cars)

Demander à R d'écrire dans un fichier plutôt qu'à l'écran

postscript("Fig1.eps", width = 6, height = 4, horizontal = FALSE)
plot(cars)
dev.off()

## png 
##   2

postscript crée un fichier EPS, pdf un fichier PDF et svg un fichier SVG.

bmp, jpeg, png, tiff créent des fichiers raster.

Fichiers vectoriel pour les figures : PostScript ou PDF pour LaTeX, MetaFile pour Word:

library("devEMF")
emf("Fig1.emf", width = 6, height = 4)
plot(cars)
dev.off()

## png 
##   2

Fichiers raster pour les rasters ou demandes particulières.

Taille des caractères.

Couleurs ou non.

Ne passer en raster qu'en tout dernier recours. 300 dpi minimum.

Utiliser la documentation des fonctions pour les finitions (polices, taille, transparence…).

Instructions

Les seuls formats acceptés sont PostScript et TIFF.

Les tailles sont précisées.

R n'encapsule pas les polices dans les fichiers EPS :

• utiliser embedFonts() pour le faire (nécessite Ghostscript)

• ou utiliser Inkscape pour transformer les polices en courbes avant publication.

Git est un gestionaire de sources :

• Suivi des modifications : bien plus qu'une sauvegarde !

• Possibilité de développer à plusieurs : fin des pièces jointes !

• Possibilité de revenir en arrière ;

• Possibilité de fourcher.

GitHub est une plateforme pour la collaboration basée sur Git.

RStudio doit détecter Git

Sinon, l'installer.

Ouvrir un compte sur GitHub

A partir de rien :

• Dans GitHub :

  • New Repository

  • Choisir le nom (pas de caractères spéciaux)

  • Ajouter un .gitgnore approprié.

• Copier l'URL à partir de Clone or Download

• Dans RStudio : nouveau projet à partir de Git, coller l'URL.

A partir d'un projet RStudio existant :

• Passer le projet sous contrôle de version :

  • Tools /Version Control /Project Setup…

  • Sélectionner Git.

• Créer un dépôt sur GitHub, récupérer son URL : https://github.com/MonCompte/MonDepot.git

• Dans le Terminal de RStudio, exécuter :

git remote add origin https://github.com/MonCompte/MonDepot.git
git push -u origin master

Les fichiers modifiés sont dans la fenêtre Git de RStudio.

Utiliser .gitignore pour masquer les fichiers non suivis.

• Créer un fichier R avec une ligne de code et l'enregistrer.

Après chaque séance de travail, livrer le résultat (Commit)

Sélectionner les fichiers à livrer.

Saisir un message clair : résumé sur la première ligne.

Pousser (Push) ses modifications vers GitHub pour les rendre publiques.

Tirer (Pull) pour résupérer les modifications sur GitHub.

Déclarer un collaborateur.

Travailler à deux ou plus sur le même fichier.

Contenu d'une séance de travail :

• Tirer ;

• Modifier ;

• Livrer ;

• Pousser.

L'information élémentaire est la ligne.

Modifications contradictoires = conflit.

Minimiser les conflits : dans un texte, une phrase = une ligne.

En cas de conflit, trancher.

• Générer un conflit et le régler.

Icône en forme d'horloge dans la fenêtre Git

^{https://xkcd.com/1597/}

Reset permet de revenir à une version précédente.

Fourcher : commencer une nouvelle branche.

Automatique en cas de modification d'un projet tiers.

Une branche sera abandonnée ou fusionnée (Merge).

Une demande de fusion s'appelle Pull Request.

Markdown est un format d'écriture très simple et lisible.

Pandoc convertit les documents Markdown en LaTeX (à compiler en PDF), HTML, Word…

RMarkdown étend Markdown pour R et Bookdown étend RMarkdown.

knitR exécute le code R à l'intérieur des documents et appelle RMarkdown.

Dans RStudio : File / New File / R Markdown…

Etudier le modèle :

• En-tête YAML et premier bout de code ;

• Formatage du texte ;

• Bouts de code.

Anti-sèche.

• Tester les 3 formats : HTML, PDF, Word.

PDF nécessite LaTeX.

Le même document peut être utilisé sous différents format sans réécriture.

Des packages fournissent des modèles.

Présentation : Beamer et HTML (utiliser ioslides).

Article : PDF pour l'autoarchivage et HTML pour la lecture. Word possible.

Ouvrage (Mémoire de master, Thèse, HDR, livre) : PDF et HTML.

Démonstration

Documentation dans les modèles.

• Ouvrir les modèles.

Un projet R contient tout :

• Modèle de document ; Fichiers nécessaire à la mise en forme (styles de texte, de bibliographie, …) ;

• Données ; Code R pour produire les résultats, y compris les figures ;

• Figures additionnelles.

Ce n'est pas un package :

• Un package a une organisation formelle inutile pour un article.

Utiliser l'assistant Nouveau Fichier /R Markdown… /A partir d'un modèle / Article EcoFoG.

Un nouveau dossier est créé. Le transformer en projet R: Nouveau projet /A partir d'un dossier existant.

Tricoter pour vérifier le fonctionnement.

Possibilité de tricoter en HTML pour gagner du temps.

Placer les données dans le projet, dans un format lisible par R (typiquement, CSV).

Lire les données dans le préambule de l'article.

Placer les calculs dans des bouts de code dans la section Matériels et Méthodes.

Utiliser les options des bouts de code :

• echo : affichage du code dans l'article (FALSE pour la publication) ;

• cache : pour ne pas répéter les calculs à chaque compilation.

Les figures sont produites directement par le code :

• insérer les bouts de code contenant les commandes plot dans la section Résultats.

Utiliser sa bibliographie générale, produite par Mendeley :

• Pas de perte de temps pendant la rédaction ;

• Produire une bibliographie autonome à la fin avec Jabref (Tools /New Sublibrary based on AUX file).

Ou utiliser directement une bibliographie spécifique, dans un fichier bib autonome.

Voir la Documentation.

Modèles EcoFoG sauf ouvrage : script GitHubPages.R

Les fichiers produits (PDF, HTML, libs) sont déplacés dans /docs.

Le fichier /README.md est dupliqué dans /docs.

• Tricoter aux formats PDF et HTML.

• Exécuter GitHubPages.R.

Modèles EcoFoG ouvrage : Build Book tricote tout dans /docs.

Passer le projet sous Git et le pousser sur GitHub.

Ajouter des collaborateurs.

Activer les pages web du dépôt GitHub :

• Settings, GitHub Pages :

  • Source = Master Branch / docs Folder

  • choisir un thème.

Dans README.md, ajouter les liens vers les fichiers produits :

• HTML pour la lecture en ligne ;

• PDF pour le téléchargement.