Dossier personnel, appelé ~ par RStudio :

Sys.getenv("R_USER")

## [1] "C:/Users/Eric.Marcon/Documents"

• Mes Documents sous Windows ;

• Home sous Mac ou Linux.

Travailler dans un sous-dossier, par exemple : Formation.

Pas d'espace ni caractère spécial dans les noms de dossier.

Trois à six versions par an. Utiliser impérativement la mineure en cours (ex.: 3.4).

R ne désinstalle pas les versions précédentes :

• Désinstaller manuellement ;

• Nettoyer le dossier des packages ~/R/win-library/version

Sys.getenv("R_LIBS_USER")

## [1] "C:/Users/Eric.Marcon/Documents/R/win-library/3.4"

Stockage des packages dans la librairie système si R peut y écrire.

Incontournable.

Intègre la majorité des outils utiles.

Version > 1 indispensable.

RStudio Server est strictement équivalent.

Organiser le travail en projets :

• un dossier dans ~ (ou un sous-dossier de ~) ;

• un fichier .Rproj dans le dossier.

Création par le menu New Project.

Pas de caractères spéciaux, pas d'espace dans le nom.

La fenêtre Environnement liste les variables et fonctions.

• Sauvegarde dans un fichier RData / Ouverture d'un RData ;

• Sauvegarde automatique en fin de session.

La fenêtre History liste l'historique des commandes:

• Sauvegarde, idem ;

• Envoi à la console ou au fichier source.

Utiliser un fichier Packages.R.

# Install necessary packages only
InstallPackages <- function(Packages) {
    sapply(Packages, function(Package) if (!Package %in% 
        installed.packages()[, 1]) 
        install.packages(Package))
}
# Markdown
InstallPackages(c("base64enc", "knitr", "rmarkdown", 
    "bookdown"))
# Other packages
InstallPackages(c("RODBC", "devtools"))
# EcoFoG
devtools::install_github("EcoFoG/EcoFoG")

Sur GitHub.

Contient des modèles d'article, de présentation, d'ouvrage.

Contient du code à usage interne :

• Accès à la base Guyafor ;

• Outil pour la création de cartes de Paracou.

En développement…

R utilise des packages et appelle des programmes externes pour la création de documents et de packages.

Liste avec liens maintenue dans la vignette du package EcoFoG.

• devtools : utilitaires pour le développement ;

• knitr, rmarkdown, bookdown: rédaction avec RMarkdown.

Utiliser Packages.R pour une réinstallation rapide.

Production de fichiers PDF :

• Présentations Beamer ;

• Articles et ouvrages PDF.

Installer MikTex sous Windows, MacTex sous Mac, TexLive sous Linux.

Compléter par TeXstudio pour débugger les compilations difficiles et Jabref pour gérer les fichiers bib.

Utiliser un gestionnaire bibliographique capable de produire un fichier bib : Mendeley ou Zotero.

Jabref permet de gérer totalement sa bibliographie au format BibTeX.

Sous Windows, compléter R par Rtools : outils pour R.

Installations souhaitables :

• ImageMagik : traitement des images ;

• qpdf : vérification de la compression des fichiers PDF ;

• Ghostscript : traitement des fichiers PDF ;

• perl : moteur de pdfcrop, pour le rognage automatique des images.

Git est un outil de gestion de sources.

Le moteur de Git doit être installé.

RStudio intègre une interface pour Git.

Ouvrir un compte sur GitHub pour collaborer.